计算化学公社

标题: AIMD是否对过渡态的计算有帮助 [打印本页]

作者
Author: 黑色桃花 时间: 2024-4-27 22:06
标题: AIMD是否对过渡态的计算有帮助
各位老师好，在看完帖子http://sobereva.com/576后，有一些问题想请教各位老师：
1. 两个物质初始坐标是随机拜访的吗，难道他们在AIMD的过程中不会逐渐远离吗
2. 如果我现在想对这个过程去做过渡态，那么比如在100帧的时候，O-H-N之间成键（VMD看到的），那么我是否可以用这一帧去作为过渡态的初始坐标，我知道会有帮助，但是这一帧的各个原子的坐标，距离过渡态会很近，或者基本就是这些坐标吗
3. 如果足够奢侈，AIMD采用的也是高级别的方法基组，在高斯中采用同样级别算过渡态，是否帮助更大
请各位老师指教，谢谢！

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-4-28 18:14
1. 有可能远离。sob老师这个例子，两个反应物之间有强烈的离子-偶极吸引作用，因此不会远离，但这个行为不具有普适性。为了防止两个反应物彼此远离，可以加限制势，或让两者的初始速度朝着让彼此反应的方向（但后者的计算结果会和你设的初始速度关系很大，因此比较适合定性研究而非定量计算速率）
2. 可以是可以，但如果跑AIMD只是为了找过渡态的话，很可能NEB比AIMD更合适
3. 同上，不如用高级别做NEB

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)