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标题: pdb2gmx 给多肽多加了氢 [打印本页]

作者
Author: 社会主义小战士 时间: 2024-4-28 17:39
标题: pdb2gmx 给多肽多加了氢
如题。
各位前辈五一好！
我在用pdb2gmx生成一条多肽（X-ALA-ALA-GLY-ASP，X为端修饰基团）
的top参数时，第二个残基ALA酰胺键的N原子总是多加了氢，这是什么原因呢？
PDB:
ATOM 131  N ALA    2    6.556 8.668 1.092                      N
ATOM 132  H ALA    2    7.067 8.826 1.937                      H
ATOM 133 CA ALA    2    5.628 9.669 0.608                      C
ATOM 134 HA ALA    2    5.937  10.003  -0.383                      H
ATOM 135 CB ALA    2    4.213 9.108 0.515                      C
ATOM 136  C ALA    2    5.590  10.874 1.537                      C
ATOM 137 HB1  ALA    2    3.887 8.778 1.501                      H
ATOM 138 HB2  ALA    2    3.538 9.881 0.149                      H
ATOM 139 HB3  ALA    2    4.203 8.262  -0.173                      H
ATOM 140  O ALA    2    6.311  10.898 2.568                      O

TOP:
; residue 2 ALA rtp NALA q +1.0
131       N3    2 ALA    N    131 -0.589266    14.01
132       H    2 ALA    H1    132 0.446422    1.008
133       H    2 ALA    H2    133 0.446422    1.008
134       H    2 ALA    H3    134 0.446422    1.008
135       CT    2 ALA    CA    135 0.113871    12.01
136       HP    2 ALA    HA    136 0.06715    1.008
137       CT    2 ALA    CB    137  -0.204113    12.01
138       HC    2 ALA HB1 138 0.063056    1.008
139       HC    2 ALA HB2 139 0.063056    1.008
140       HC    2 ALA HB3 140 0.063056    1.008
141       C    2 ALA    C    141 0.676687    12.01
142       O    2 ALA    O    142  -0.592764    16 ; qtot 1.055

作者
Author: z9527567 时间: 2024-4-28 21:37
N端的氮带电，不封端都是这样的。

作者
Author: 社会主义小战士 时间: 2024-4-28 21:56

z9527567 发表于 2024-4-28 21:37
N端的氮带电，不封端都是这样的。

N端连接了一个修饰基团的，所以这里正常来说应该是这样的：
131       N    2 ALA    N    131 -0.589266    14.01
132       H    2 ALA    H    132 0.446422    1.008
135       CT    2 ALA    CA    135 0.113871    12.01
136       HP    2 ALA    HA    136 0.06715    1.008
137       CT    2 ALA    CB    137  -0.204113    12.01
138       HC    2 ALA HB1 138 0.063056    1.008
139       HC    2 ALA HB2 139 0.063056    1.008
140       HC    2 ALA HB3 140 0.063056    1.008
141       C    2 ALA    C    141 0.676687    12.01
142       O    2 ALA    O    142  -0.592764    16 ; qtot 0

作者
Author: 社会主义小战士 时间: 2024-4-28 21:56

社会主义小战士发表于 2024-4-28 21:56
N端连接了一个修饰基团的，所以这里正常来说应该是这样的：
131 N 2 ALA N ...

但是现在得到的就是N端的N另外多接了2个H

作者
Author: z9527567 时间: 2024-4-28 23:53
连接的X力场参数是什么样子的，你得把X的形式做成残基的样子，否则N端的ALA总是被认为是NALA。

作者
Author: 社会主义小战士 时间: 2024-4-29 09:54

z9527567 发表于 2024-4-28 23:53
连接的X力场参数是什么样子的，你得把X的形式做成残基的样子，否则N端的ALA总是被认为是NALA。

您好，与多肽相连的非标准残基没什么问题，但是跟非标准残基相连的那个氨基酸总是被判定为N端导致最后参数多加了2个H。
所以想请教一下这个该怎么解决呀？

作者
Author: z9527567 时间: 2024-4-30 13:06
模仿力场里的写吧

作者
Author: 社会主义小战士 时间: 2024-5-2 19:17

z9527567 发表于 2024-4-30 13:06
模仿力场里的写吧

感谢！！！已解决！！！

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