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标题: openbabel能量最小化组氨酸中的咪唑环结构出错 [打印本页]

作者
Author: Drunk_bear 时间: 2024-5-1 20:18
标题: openbabel能量最小化组氨酸中的咪唑环结构出错
用openbabel转换文件时出现报错，打开文件发现碳氮五元环结构变形，如图。请问怎么解决？文件是否可以继续用于分子对接？
~/q$ obabel n215.sdf -O 215.pdbqt --minimize --ff GAFF
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*** Open Babel Warning in ReadUnimplementedBlock
COLLECTION blocks are not currently implemented and their contents are ignored.
1 molecule converted

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-1 22:19
如果n215.sdf本身结构就是合理的，别让openbabel做优化，或者换成DFT优化

作者
Author: Drunk_bear 时间: 2024-5-8 18:54
本帖最后由 Drunk_bear 于 2024-5-8 19:06 编辑

sobereva 发表于 2024-5-1 22:19
如果n215.sdf本身结构就是合理的，别让openbabel做优化，或者换成DFT优化

老师，再请问一下有人说这种咪唑环变形是能量最小化后的正常构型之一，那能贴图在文章中吗？
把多肽能量最小化换成MMFF94后没有变形，力场要换成MMFFF94吗？
我的目的是虚拟筛选多肽，应该用GAFF还是MMFF94的分子对接结果进行筛选？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-8 20:01

Drunk_bear 发表于 2024-5-8 18:54
老师，再请问一下有人说这种咪唑环变形是能量最小化后的正常构型之一，那能贴图在文章中吗？
把多肽能量 ...

明显不正常，根本不符合化学常识
分子对接没有一般意义的力场选择概念，这些力场也不是直接用于一般的分子对接程序中的

作者
Author: Drunk_bear 时间: 2024-5-9 09:08

sobereva 发表于 2024-5-8 20:01
明显不正常，根本不符合化学常识
分子对接没有一般意义的力场选择概念，这些力场也不是直接用于一般的分 ...

好的，谢谢老师，那我就改用MMFF94进行能量最小化

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