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标题: openbabel能量最小化结构前后不一致 [打印本页]

作者
Author: Drunk_bear 时间: 2024-5-1 21:35
标题: openbabel能量最小化结构前后不一致
openbabel能量最小化结构前后不一致，分别试着autodock对接了一下，一个-6.5，一个-5.8。
请问openbabel的能量最小化是随机的吗？怎么设置能量最小化的参数比较好？谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-1 22:20
拿具体体系、具体结果说事，说清楚运行命令
能量最小化怎么可能随机

作者
Author: Drunk_bear 时间: 2024-5-2 12:08
本帖最后由 Drunk_bear 于 2024-5-2 12:11 编辑

sobereva 发表于 2024-5-1 22:20
拿具体体系、具体结果说事，说清楚运行命令
能量最小化怎么可能随机

配体是多肽；
命令是 obabel *.sdf -O A.pdbqt -m -h -xb --gen3D --minimize --ff GAFF；两次不同的构象如图。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-2 14:06

Drunk_bear 发表于 2024-5-2 12:08
配体是多肽；
命令是 obabel *.sdf -O A.pdbqt -m -h -xb --gen3D --minimize --ff GAFF；两次不同的构 ...

不管是否做能量极小化， --gen3D产生的构象本身就应该有随机性。如果你提供的构象是确切的，能量极小化的结果也是确切的

作者
Author: Drunk_bear 时间: 2024-5-2 16:01

sobereva 发表于 2024-5-2 14:06
不管是否做能量极小化， --gen3D产生的构象本身就应该有随机性。如果你提供的构象是确切的，能量极小化的 ...

好的，谢谢老师，--gen3D产生的是随机的还能用于多肽分子对接吗？
生成3D结构是使用rdkit比较好吗？
rdkit不能用Amber力场，我看到当使用ETKDG算法生成3D构象时，通常无需再使用MMFF94力场优化，那rdkit生成3D结构后还需要能量最小化吗？
我试着用rdkit转化出现了两种报错：
1.[14:28:55] Molecule does not have explicit Hs. Consider calling AddHs()
Failed to embed molecule Unnamed from n223.sdf
2.Failed to embed molecule Unnamed from n272.sdf
[14:29:37] Explicit valence for atom # 66 N, 4, is greater than permitted
[14:29:37] ERROR: Could not sanitize molecule ending on line 258
[14:29:37] ERROR: Explicit valence for atom # 66 N, 4, is greater than permitted
[14:29:37] Molecule does not have explicit Hs. Consider calling AddHs()
还有一部分直接没有报错，转换出的文件为空，请问怎么解决？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-2 23:55

Drunk_bear 发表于 2024-5-2 16:01
好的，谢谢老师，--gen3D产生的是随机的还能用于多肽分子对接吗？
生成3D结构是使用rdkit比较好吗？
rd ...

我不用rdkit没法回复

一般的分子对接程序做的时候会自动对配体的各种构象进行采样，没必要对初始构象去较真

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