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标题: 大家好，我在用gromacs进行模拟时，出现如下问题，本人小白，求高人指点 [打印本页]
作者Author: zouguo 时间: 2024-5-2 14:30
标题: 大家好，我在用gromacs进行模拟时，出现如下问题，本人小白，求高人指点
本帖最后由 zouguo 于 2024-5-2 14:30 编辑
1. 主要目的：用gromacs对小分子金属配合物进行分子动力学研究，查看其聚集态堆积模式（盒子里只有这一种金属配合物的存在，也不添加溶剂分子）
2. 首先用高斯构建分子模型，在进行opt freq计算得分子基态最优构型，得到fchk文件，用gv6打开，再另存为mol2文件或pdb文件
3. 用sob老师的sobtop将mol2文件转化成跑gromacs要用的.top、.itp和.gro文件（打开sobtop，将mol2拖进去，分别输入1、1、0、4回车，在填入路径，回车，即可得到想要的文件s，不得不说Sob，YYDS呀），准备用以下代码，来完成模拟：
gmx editconf -f 3pt.gro -o 1_newbox.gro -c -d 1.0 -bt cubic （没问题）
gmx grompp -f em.mdp -c 1_newbox.gro -p1.top -o em.tpr -maxwarn 1 （出错了）
gmx mdrun -v -deffnm em
gmx grompp -f nvt.mdp -c em.gro -ptopol.top -r 3pt.gro-o nvt.tpr -maxwarn 2
gmx mdrun -deffnm nvt
gmx grompp -f npt.mdp -c nvt.gro -t nvt.cpt-p topol.top -r 3pt.gro-o npt.tpr -maxwarn 2
gmx mdrun -deffnm npt
gmx editconf -f npt.gro -o npt.pdb
4. 进入到上述文件所在文件夹，运行win10下Ubuntu子系统，给分子添加盒子：gmx editconf -f 1.gro -o 1_newbox.gro -c -d 1.0 -bt cubic
这一步倒没什么问题，生成了1_newbox.gro文件，且能够用VMD打开，输入Pbc box，回车后能看到盒子
5. 将1_newbox.gro按照能量最小化参数em.mdp产生em.tpr文件，这一步出错，且产生了一个名为mdout.mdp的文件，详情如下：
zoug@DESKTOP-EOKETI3:/mnt/g/Desktop/mdp7$ gmx grompp -f em.mdp -c 1_newbox.gro -p 1.top -o em.tpr -maxwarn 1
:-) GROMACS - gmx grompp, 2021.4-Ubuntu-2021.4-2 (-:
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GROMACS: gmx grompp, version 2021.4-Ubuntu-2021.4-2
Executable: /usr/bin/gmx
Data prefix: /usr
Working dir: /mnt/g/Desktop/mdp7
Command line:
gmx grompp -f em.mdp -c 1_newbox.gro -p 1.top -o em.tpr -maxwarn 1
Ignoring obsolete mdp entry 'title'
Ignoring obsolete mdp entry 'ns_type'
NOTE 1 [file em.mdp]:
With Verlet lists the optimal nstlist is >= 10, with GPUs >= 20. Note
that with the Verlet scheme, nstlist has no effect on the accuracy of
your simulation.
Setting the LD random seed to 2096099290
-------------------------------------------------------
Program: gmx grompp, version 2021.4-Ubuntu-2021.4-2
Source file: src/gromacs/gmxpreprocess/gmxcpp.cpp (line 298)
Fatal error:
Topology include file "G:\Desktop\mdp7\1.itp" not found
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
-------------------------------------------------------
所有相关文件已上传，麻烦高人指点迷津，谢谢！
祝好
gromacs小白
20240502
作者Author: sobereva 时间: 2024-5-2 23:22
其它文字我没看，红字提示明显说明路径没弄对。这种基本问题凭提示解决
作者Author: zouguo 时间: 2024-5-6 09:39
谢谢sob老师！
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