计算化学公社

标题: gmx mdrun调用GPU失败 [打印本页]

作者
Author: 17-li 时间: 2024-5-2 20:32
标题: gmx mdrun调用GPU失败

这是我跑模拟的两条命令：
gmx grompp -v -f md_gpu_PME.mdp -c em_npt.gro -t em_npt.cpt -p topol.top -n index.ndx -o HPEP_WTfx1_gpumd.tpr
nohup gmx mdrun -pin on -deffnm HPEP_WTfx1_gpumd -v &
现在可以成功跑，但是无法调用GPU，跑100ns得二十多天，求助大家应该怎么办？
HPEP_WTfx1_gpumd.log里有一句：(GPU detection failed)，不知道是不是这个问题。
安装的是gromacs2023.04，是直接用conda install安装的。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-2 23:14
按标准方式正经自己编译一个，别图省事
GROMACS的安装方法（含全程视频演示）
http://sobereva.com/457（http://bbs.keinsci.com/thread-11821-1-1.html）

作者
Author: 17-li 时间: 2024-5-3 10:09

sobereva 发表于 2024-5-2 23:14
按标准方式正经自己编译一个，别图省事
GROMACS的安装方法（含全程视频演示）
http://sobereva.com/457（ ...

感谢老师，主要是我之前按照这个方法装过，但是到后面几步的时候就出现了报错：
cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/sob/gmx20196 -DGMX_GPU=ON -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda 出现了几行failed和not found

make install -j出现报错：nvcc fatal : Unsupported gpu architecture 'compute_30'，
我查了别人的解决办法，把gmxManageNvccConfig.cmake文件下compute_30这一行注释掉，重新执行后出现nvcc fatal : Unsupported gpu architecture 'compute_35'，就是每注释掉一行，下一行就报错，我不知道怎么解决了，就用了conda install。
刚刚重新试着按照教程装，还是这个报错。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-3 19:55

17-li 发表于 2024-5-3 10:09
感谢老师，主要是我之前按照这个方法装过，但是到后面几步的时候就出现了报错：
cmake .. -DCMAKE_INSTA ...

2024年GPU加速跑还用gmx2019干嘛，效率大打折扣

作者
Author: 17-li 时间: 2024-5-6 08:56
现在编译成功了gromacs 2022.4，之前在cmake那一步有问题，把-DGMX_GPU=ON改成-DGMX_GPU=CUDA就可以了。现在又有了新的问题，我编译好的这个gmx2022.4只有root能用，普通用户找不到gmx命令

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