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标题: 关于CP2K做MM模拟遇到报错"A string type object was expected" [打印本页]

作者
Author: gingaorb 时间: 2024-5-3 01:22
标题: 关于CP2K做MM模拟遇到报错"A string type object was expected"
本帖最后由 gingaorb 于 2024-5-3 01:29 编辑

各位小哥哥，各位大佬们，我是那个对CP2K软件MM模拟操作还不太灵光的小小白，最近很想用CP2K做基于分子力场的动力学模拟一直运行不起来，好崩溃啊~(┭┮﹏┭┮)
我模拟的体系中，包含64个水分子和一个丙酮酸分子（输入文件为MD.inp，结构文件为modified_unk0.pdb），力场是基于CHRAMM的par_all36_cgenff.prm，力场文件为“unk.prm”。
然后我是仿照站长大大在CP2K培训讲义里，MM部分的实例4：水中的氨基酸动力学模拟。水使用TIP3P的参数，其中包括，OW-HW成键项，HW-OW-HW键角项、OW和HW的LJ参数也就是非成键项。电荷使用CHARGE_BETA从PDB文件中读入，让CP2K自动GENERATE CREATE_MOLECULES，结构已经事先优化过了。
就在我觉得万事俱备的时候，它出现了让我意想不到的报错！！！
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*  / \                                                                   *
* [ABORT]                                                                   *
*  \___/    A string type object was expected, found end of line, File: *
* |                      'unk.prm', Line: 32, Column: 11                *
*  O/|                                                                      *
* /| |                                                                      *
* / \                                        input/cp_parser_methods.F:1252 *
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===== Routine Calling Stack =====

         5 read_force_field_charmm
         4 force_field_control
         3 fist_init
         2 fist_create_force_env
         1 CP2K

为什么会这样(O_O)？？？我完全按照站长大大的讲义来的呀~到底哪里出了问题哇？我将我所有用到的文件都放在下面，如果有哪位大神知道怎么解决这个问题，麻烦指点一二。ヾ(*´ー`*)ﾉ゛先在这里谢过大家啦，希望有好心的大神能看到这个帖子，帮帮我这个软件小白！期待回复哦~ (๑′ᴗ‵๑)❤

作者
Author: gingaorb 时间: 2024-5-4 03:58
我来更新一下，根据我最新尝试后的发现，我先用64个水分子的PDB文件，分别使用站长大大在CP2K培训实例中提供的“par_all22_prot+TIP3P.prm”和“par_all36m_prot+TIP3P.prm”力场，结果都可以顺利运行。
但是啊~当我按照站长大大同样的方法“加入OT-HT成键项，HT-OT-HT键角项、OT和HT的LJ参数也就是非成键项”，构成“par_all36_cgenff+TIP3P.prm”力场，就会出现如上报错：
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* ___                                                                      *
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* [ABORT]                                                                   *
*  \___/    A string type object was expected, found end of line, File: *
* |          'par_all36_cgenff+TIP3P.prm', Line: 1255, Column: 11       *
*  O/|                                                                      *
* /| |                                                                      *
* / \                                        input/cp_parser_methods.F:1252 *
*******************************************************************************

===== Routine Calling Stack =====

         5 read_force_field_charmm
         4 force_field_control
         3 fist_init
         2 fist_create_force_env
         1 CP2K

很离谱啊！难道是CP2K不识别par_all36_cgenff.prm力场？
同样的，我仅用一个丙酮酸分子尝试也出现同样的报错~
想求教各位大神~这究竟是什么原因呢？(┭┮﹏┭┮)
（以上提到的所有文件，我都列在下面了~希望有好心人可以帮帮我这个小白白~先谢谢大家了！）

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