计算化学公社

标题: 求助：关于基态和激发态结构的CP2K-NEB计算报错 [打印本页]

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Author: 不会扣篮的后卫 时间: 2024-5-3 07:42
标题: 求助：关于基态和激发态结构的CP2K-NEB计算报错
大家好，我在研究基态和激发态结构的能量变化。想参考卢老师第三届CP2K培训班讲义的例子，使用NEB方法画出NEB_ene.txt图。

在我的NEB方法的计算任务里，两个单层的周期性结构分别来自基态和激发态优化任务（conf1.xyz为优化后的基态结构，conf2.xyz为优化后的激发态结构)。
提交任务后，out.log文件没有跑出任何CI-NEB的点数优化步数，
slurm-ID出现了如下的报错。
(, 下载次数 Times of downloads: 20)
总共跑出了这些文件，
(, 下载次数 Times of downloads: 18)

我附上相关的输入，输出文件，结构文件以及submit.slm，供大家参考。请问各位老师，同学，对这个输入文件有什么修改建议吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-3 12:28
可能内存不够崩了

在基态势能面下（计算基态的设定下），没法计算基态极小点和激发态极小点之间的CI-NEB，这没有任何意义

作者
Author: 不会扣篮的后卫 时间: 2024-5-6 11:35

sobereva 发表于 2024-5-3 12:28
可能内存不够崩了

在基态势能面下（计算基态的设定下），没法计算基态极小点和激发态极小点之间的CI-NEB ...

卢老师，您好，我按照您的解释，试着画了基态和激发态势能面交叉点的图。
(, 下载次数 Times of downloads: 21)

请教卢老师3个问题，
问题1. 卢老师，您在2楼的回复说计算基态极小点和激发态极小点之间的CI-NEB是没有任何意义的，请问基态极小点和激发态极小点之间的CI-NEB是指绿色的斜线吗？
问题2，请问右边这个灰色大括号可以代表激发态结构和基态结构的NEB计算能量差值吗？
问题3，请问CP2K怎么算出左边大括号代表的垂直激发态数值（红色竖直的线）？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2024-5-6 13:26

不会扣篮的后卫发表于 2024-5-6 11:35
卢老师，您好，我按照您的解释，试着画了基态和激发态势能面交叉点的图。

参考这个帖子的18楼。

作者
Author: 不会扣篮的后卫 时间: 2024-5-7 12:15

卡开发发发表于 2024-5-6 13:26
参考这个帖子的18楼。

谢谢老师的建议！
学生还有一个问题需要请教，按照卢老师在这个帖子（5楼和7楼）的解答。
我可以通过CP2K的CDFT计算，分别优化两个态（基态和第一激发态）并做振动分析求自由能，然后求差得到Delta_G(ET)---自由能变。
请问老师可以简单讲讲CP2K计算 λ(内重组能)的方法吗？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2024-5-7 13:22

不会扣篮的后卫发表于 2024-5-7 12:15
谢谢老师的建议！
学生还有一个问题需要请教，按照卢老师在这个帖子（5楼和7楼）的解答。
我可以通过CP ...

原理上和算分子应当没什么不同。不过，需要小心的问题是固体上不见得所有体系都能很轻易定义出来S1或是T0，并且加减电子也会导致很多问题，所有仅仅少数体系能像分子那么做。

作者
Author: 不会扣篮的后卫 时间: 2024-5-8 11:56

卡开发发发表于 2024-5-7 13:22
原理上和算分子应当没什么不同。不过，需要小心的问题是固体上不见得所有体系都能很轻易定义出来S1或是T0 ...

谢谢老师！我去研究一下。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-8 19:08

不会扣篮的后卫发表于 2024-5-6 11:35
卢老师，您好，我按照您的解释，试着画了基态和激发态势能面交叉点的图。

记住CI-NEB是对于单个势能面而言的，你在CP2K的NEB任务的设置里也没法设始端和末端各自处于什么电子态。用绝热激发前后的两个结构当始CI-NEB末端，只能得到你当前指定的电子态势能面上那两个点之间的几何弛豫路径
考察势能面交叉要计算的是MECP或者MECI，参考
使用sobMECP程序结合Gaussian程序搜索极小能量交叉点
http://sobereva.com/286（http://bbs.keinsci.com/thread-865-1-1.html）

作者
Author: 不会扣篮的后卫 时间: 2024-5-10 10:27

sobereva 发表于 2024-5-8 19:08
记住CI-NEB是对于单个势能面而言的，你在CP2K的NEB任务的设置里也没法设始端和末端各自处于什么电子态。 ...

谢谢卢老师！

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