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标题: 使用Multiwfn+VMD绘制跃迁电偶极矩和磁偶极矩得到的二者夹角和计算值不符 [打印本页]

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CC_3    时间: 2024-5-3 15:48
标题: 使用Multiwfn+VMD绘制跃迁电偶极矩和磁偶极矩得到的二者夹角和计算值不符
本帖最后由 CC_3 于 2024-5-5 16:55 编辑

各位老师好!我在绘制跃迁电偶极矩和跃迁磁偶极矩时,按照卢老师这篇文章的步骤 :使用Multiwfn+VMD绘制片段贡献的跃迁偶极矩矢量http://sobereva.com/396)并且参考了这位同学发表的同时绘制跃迁偶极矩矢量的帖子:使用Multiwfn+VMD同时绘制跃迁电偶极矩和磁偶极矩遇到了问题http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=28865&fromuid=61814),绘制得到了图1:
我的步骤如下
第一步:将Gaussian输出文件fchk载入了Multiwfn。然后依次进入功能18 → 11 → 载入log文件 → 输入1考察第一个激发态(S1)→1 电跃迁偶极矩→n,最后保存了.pdb文件。
第二步:将Multiwfn输出的trdipcontri.txt以及教程中给的loaddip.tcl文件一并复制到VMD的根目录中。将之前输出的.pdb文件载入了VMD的main窗口。然后在文本窗口输入了source loaddip.tcl → draw color red → dip all,得到了分子整体的跃迁电偶极矩矢量图,并且保持VMD窗口和程序不关闭。
第三步:在Multiwfn中输入0 return → 18 11 →  输入1考察第一个激发态(S1)→2 磁跃迁偶极矩→n
第四步:Multiwfn输出的新的trdipcontri.txt文件复制到VMD的根目录中,并且覆盖之前的电偶极矩的trdipcontri.txt文件回到刚才未关闭的VMD窗口,在文本输入窗口输入source loaddip.tcl,然后输入了dip all。得到了分子整体的跃迁磁偶极矩,如图1所示。

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图1 VMD绘制结果

但是我通过公式  cosθ=u*m/(|u|*|m|)  计算得到的θ值为97.97°(图2),但是用VMD绘制得到的夹角是一个很大的钝角,重新做了几次图都是图1的结果,和计算出来的θ值相差甚远。

(, 下载次数 Times of downloads: 42)

图2

以下是Gaussian的计算结果:

(, 下载次数 Times of downloads: 42) (, 下载次数 Times of downloads: 42) (, 下载次数 Times of downloads: 41)

我计算的另外一个相似的分子结构和此分子计算方法选取、最后计算和绘制步骤都是一样的,但没出现这个问题,所以想请教一个各位老师,能帮忙判断一下哪个环节出现问题了吗?感谢各位老师!



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sobereva    时间: 2024-5-3 23:45
上传压缩后的输出文件、贴出来VMD里的绘图命令、说清楚考察的哪个激发态
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CC_3    时间: 2024-5-4 00:49
sobereva 发表于 2024-5-3 23:45
上传压缩后的输出文件、贴出来VMD里的绘图命令、说清楚考察的哪个激发态

老师好,我重新修改了一下帖子,希望能得到您的解答
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sobereva    时间: 2024-5-4 19:25
你没用IOp(9/40=4),此时Multiwfn算出的跃迁偶极矩信息可能严重不准,尤其是没有充分主导的MO跃迁的情况下。
当前目的完全没有必要用396博文的做法,完全是走弯路。直接根据Gaussian输出的跃迁电偶极矩和跃迁磁偶极矩,利用Multiwfn的examples\scripts目录下的drawarrow.tcl里定义的命令在VMD画箭头就完了。
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CC_3    时间: 2024-5-5 16:54
sobereva 发表于 2024-5-4 19:25
你没用IOp(9/40=4),此时Multiwfn算出的跃迁偶极矩信息可能严重不准,尤其是没有充分主导的MO跃迁的情况下 ...

明白了,非常感谢sob老师!
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木棉~    时间: 2025-4-4 21:18
请问跃迁电偶极矩和磁偶极矩的夹角怎么计算的,这个矢量计算不太懂,能说一下计算方法吗?谢谢啦!
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sobereva    时间: 2025-4-5 02:52
木棉~ 发表于 2025-4-4 21:18
请问跃迁电偶极矩和磁偶极矩的夹角怎么计算的,这个矢量计算不太懂,能说一下计算方法吗?谢谢啦!

两个矢量的夹角怎么算,这是高中数学的内容




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