计算化学公社
标题: AIM分析中的问题 [打印本页]
作者Author: 15whyhq 时间: 2016-11-22 19:24
标题: AIM分析中的问题
AIM做出的Density of all electrons是不是这篇文献table 4里面的ρ？
table 4 中的λ1和λ2 是怎么做出来的？我做出的AIM中为什么没有λ1和λ2 ？
谢谢！
作者Author: sobereva 时间: 2016-11-22 19:30
是
看这部分输出
Hessian matrix:
-0.6052546063E+01 0.4156881242E-15 0.3075927425E-15
0.4156881242E-15 -0.5129330464E+01 0.7095917322E+00
0.3075927425E-15 0.7095917322E+00 -0.5547505204E+01
Eigenvalues of Hessian: -0.6052546063E+01 -0.4598662500E+01 -0.6078173169E+01
Eigenvalues of Hessian就是λ。数值从小到大依次是λ1、λ2、λ3
作者Author: 15whyhq 时间: 2016-11-22 19:49
本帖最后由 15whyhq 于 2016-11-22 19:59 编辑
老师说的大小是绝对值大小还是要把符号考虑？Sign(lambda2)*rho with promolecularapproximation: -0.6703902380E-01 这个是什么值？
谢谢
作者Author: sobereva 时间: 2016-11-23 09:05
当然考虑符号，文献里不也有符号
Multiwfn手册超级详细，输出的每个实空间函数的含义在手册里都有，看2.6、2.7节
作者Author: 15whyhq 时间: 2016-11-24 19:47
这篇文献里面的判断氢键存在的三个标准出自哪里？
这个标准可信吗？
作者Author: sobereva 时间: 2016-11-24 21:39
这里头http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=362
Lipkowski氢键AIM简化标准-Properties of the C-H---H Dihydrogen Bond An ab Initio and Topological Analysis.pdf
作者Author: 15whyhq 时间: 2016-11-29 21:49
Sign(lambda2)*rho 的绝对值大于多少的时候不属于弱相互作用？像我这个做的AIM分析得到的H跟O及C跟Br之间的Sign(lambda2)*rho如表格所示，这些值可以比较H跟O之间氢键的强弱C跟Br，C跟B之间的静电作用强弱吗？我这个AIM做出来的H跟O之间Sign(lambda2)*rho比较负，还属于弱相互作用吗？是不是属于较强的氢键？对于较强的氢键应该用什么分析方法进行分析？
作者Author: sobereva 时间: 2016-11-29 23:25
没什么确切标准，直接一看等值面图的颜色便知
算得上很强的氢键的情况，一般等值面图上都有窟窿了（BCP电子密度>0.05）
如果你的结构已经优化，并且产生波函数的级别合理，BCP密度这么大算是颇强的氢键。进一步分析可以结合ELF、键级、密度差之类分析
BCP的信息对于同类键可以横向比较强度，但不能比较比如O-H...O与C...Br的作用强度。
作者Author: 15whyhq 时间: 2016-12-3 09:40
老师，您说Sign(lambda2)*rho值的大小是代表氢键的大小吗？
作者Author: sobereva 时间: 2016-12-4 00:34
此值大小就是电子密度的大小，对于同类氢键，BCP上电子密度与氢键强度有一点正相关
作者Author: 15whyhq 时间: 2016-12-8 21:33
这个公式计算得到的是单纯的氢键的键能吗？同类氢键这个值可以用来比较氢键的强弱的吗？谢谢！
作者Author: sobereva 时间: 2016-12-9 02:13
是。可以
作者Author: 15whyhq 时间: 2016-12-9 09:07
本帖最后由 15whyhq 于 2016-12-9 09:09 编辑
我想知道氢键与静电作用的关系？如果要把氢键与静电作用以定性或者定量的关系区别显示出来应该怎么做？谢谢！
作者Author: sobereva 时间: 2016-12-9 17:38
普通氢键由静电作用主导。
分法所谓的“区分显示”，要计算静电的贡献做能量分解
作者Author: 15whyhq 时间: 2016-12-9 20:55
本帖最后由 15whyhq 于 2016-12-9 21:05 编辑
怎么比较同类卤键的强弱？谢谢！
作者Author: sobereva 时间: 2016-12-9 21:59
也可以比较那些指标，BCP的电子密度、势能密度之类
作者Author: 15whyhq 时间: 2016-12-10 16:20
老师，我这个OH...O的电子密度都不在氢键存在的标准范围中，拉普拉斯值有些在标准范围是不是意味着这已经不是氢键了？但是我这个拉普拉斯值都是正值说明是离子键，氢键或者范德华作用，根据这个我应该怎么判断？像这种情况我可以直接根据电子密度的大小判断同类OH...O的大小吗？谢谢！
作者Author: 15whyhq 时间: 2016-12-10 16:49
我在这篇文献里面看到G/|V|的值大于1，说明是非共价作用，这个判断正确吗？在我的OH...O中所有的G/|V|都小于1这个又应该怎么解释呢？谢谢！
作者Author: sobereva 时间: 2016-12-10 19:11
如果你指的1L的数值，rho比一般氢键的rho范围上限要大，光从这说明是很强的氢键
其它的，没具体结构光看这些没法说。
作者Author: 15whyhq 时间: 2016-12-12 11:24
我在这篇文献里面看到G/|V|的值大于1，说明是非共价作用，这个判断正确吗？在我的O...H中所有的G/|V|都小于1且▽2ρ值是负值可以说明O...H之间是共价键吗？谢谢！
如果光从G/|V|小于1可以说明是共价键吗？
作者Author: sobereva 时间: 2016-12-12 17:24
没你的具体体系不好说，要结合化学直觉判断，最好还同时作个图看看，参考此文
AIM键临界点处电子密度拉普拉斯值符号判断相互作用类型失败原因的图形分析
http://sobereva.com/161
如果氢键作用区域真的电子密度拉普拉斯函数都有负值了，那说明是颇强的氢键，都已经有一定共价性了（但说是共价键还是太牵强）。此时你也可以绘制一下ELF图考察一下共价作用特征。
另外，一般不是用G/|V|而是用|V|/G，此指标的原文见此文J. Chem. Phys., 117, 5529 (2002)。这个量小于1一般认为是非共价作用，大于1越多说明共价性越强。
作者Author: 15whyhq 时间: 2016-12-13 10:53
有没有通过AIM分析做出的▽2ρ值是负值，但是两原子之间形成的不是共价键的例子？谢谢！
作者Author: sobereva 时间: 2016-12-14 00:34
印象中没有
要有也是只考察BCP位置的值而没有作图考察而被误导了
作者Author: 15whyhq 时间: 2016-12-14 08:49
没有的话是不是可以根据▽2ρ值是负值，判断是共价键呢？谢谢！
作者Author: sobereva 时间: 2016-12-14 18:51
基本可以
作者Author: 15whyhq 时间: 2016-12-14 20:51
像我这个体系，H与O之间的▽2ρ值是正值（可能是非共价），|V|/G的值大于1（是共价键），像这种情况我应该怎么去确切表述H与O的成键关系，还有像我这种比较强的氢键应该用什么方法去定性或者定量比较氢键的大小呢？
作者Author: 15whyhq 时间: 2016-12-15 21:13
本帖最后由 15whyhq 于 2016-12-15 21:19 编辑
像我这个分子先做完AIM分析得到那些值后，适合用拉普拉斯值函数、ELF函数、LOL函数来判断进攻氧的羟基（O与H之间的关系）以及羟基的H与环氧化物的O之间的关系吗？
像这种带官能团的离子液体催化CO2的反应，用什么分析方法能够准确判断这些催化剂是如何影响催化活性的？以及用分析方法如何比较这两种催化剂对催化活性的影响？谢谢！
作者Author: 15whyhq 时间: 2016-12-19 20:12
这个图片中高亮部分来自哪篇文献有谁可以发下吗？还有这一段话正确吗？谢谢！
作者Author: 15whyhq 时间: 2017-2-21 09:05
BCP 处的电子密度大小可以反映化学键的强弱，那可以根据电子密度拉普拉斯量▽2ρ的大小去比较同类氢键的大小吗？谢谢！
作者Author: sobereva 时间: 2017-2-21 10:27
J. Chem. Phys., 117, 5529 (2002)
作者Author: sobereva 时间: 2017-2-21 10:28
何必比较这个，比较V多好，和氢键强度关系很明确：Chem. Phys. Lett., 285, 170 (1998)
作者Author: 15whyhq 时间: 2017-2-21 15:43
嗯嗯，谢谢，那要比较同一处的C...Br之间作用的强弱应该用哪个量来比较呢？谢谢！
作者Author: 15whyhq 时间: 2017-2-21 17:04
发现用电子密度ρ和用电子密度拉普拉斯量▽2ρ比较两个原子之间作用的强弱时这两个量得到的规律不一样，怎么办？该用哪个量来比较呢？谢谢！
作者Author: sobereva 时间: 2017-2-21 21:40
用V最好，用rho其次，不建议用▽2ρ
作者Author: sobereva 时间: 2017-2-21 21:41
不知道你说的同一处指什么，如果是一类体系都有C...Br作用，先尝试从V和rho上对比
作者Author: 15whyhq 时间: 2017-2-22 15:05
谢谢，C...Br作用也可以用V对比？V/2不是指氢键的强弱对吗？谢谢！
作者Author: 15whyhq 时间: 2017-2-22 15:09
做AIM分析得到的数据中这些量的单位是什么呢？谢谢！
作者Author: sobereva 时间: 2017-2-23 00:23
Multiwfn中，凡是没注明单位的情况，一律是原子单位
作者Author: sobereva 时间: 2017-2-23 00:23
V/2是用来预测氢键键能的，虽然没法用来预测C...Br相互作用能，但起码讨论相关性是可以的
作者Author: 15whyhq 时间: 2017-4-15 15:37
本帖最后由 15whyhq 于 2017-4-15 15:39 编辑
我想问下文章里面用了AIM分析方法一般都要引用哪几篇文献呢？文章里面写了判断氢键存在的三个标准，写了rho的大小比较强弱，以及拉普拉斯值的符号判断键的类型。我应该引用哪几篇文献呢？谢谢！
作者Author: sobereva 时间: 2017-4-15 22:46
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=362
里面一看就找到了
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