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标题: 超算上用CP2K做过渡态搜索内存溢出错误 [打印本页]

作者
Author: 大耳朵涂涂 时间: 2024-5-3 17:02
标题: 超算上用CP2K做过渡态搜索内存溢出错误
本帖最后由大耳朵涂涂于 2024-5-3 17:02 编辑

各位大佬好，最近在使用超算用CI-NEB做过渡态搜索时，任务交上去之后很快就报错了。
查了十个点，每个点分配三个进程（NPROC_REP 3），计算使用60个核心，MP_NUM_THREADS=2，out信息里显示可用的内存在197G左右。
报错信息：
Primary job terminated normally, but 1 process returned
a non-zero exit code. Per user-direction, the job has been aborted.
--------------------------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------
mpirun noticed that process rank 21 with PID 0 on node gknew0535 exited on signal 9 (Killed).

同样的体系结构，之前用64个核心在这个超算上用 cp2k.popt版跑结构优化的时候，可以正常计算，out信息里每个进程使用的内存也就是1400MiB左右，总内存使用量也就是1.4*64=89.6G左右，离总内存197G还很远。
所以我一开始觉得内存不会有问题。但在使用的时候，先用popt跑（NPROC_REP 6），报上述一样的疑似内存溢出错误；然后用psmp，先后设置MP_NUM_THREADS=6、3、2、1（NPROC_REP 1、2、3、6），也是报同样的错误。
所以想请教一下大家：
1。这个错误是内存溢出引起的吗？
2.如果是内存的问题的话，过渡态搜索的out文件中没找到内存的使用信息，如何估计内存使用的大概情况呢？
3.psmp版本以投任务脚本截图中的方式运行可以吗？使用psmp版本是是否有节省内存的使用方法呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-3 20:04
看副本的out文件了解更具体原因

对于怀疑内存不够的情况，NEB点数和对应的副本数一点点减少进行测试。另外，CI-NEB没必要用那么大基组和那么高CUTOFF，适当降低可以节约不少内存

作者
Author: 大耳朵涂涂 时间: 2024-5-3 23:41

sobereva 发表于 2024-5-3 20:04
看副本的out文件了解更具体原因

对于怀疑内存不够的情况，NEB点数和对应的副本数一点点减少进行测试。另 ...

谢谢sob老师。副本的out文件里没有与报错有关的信息，我设置的PRINT-LEVEL是MEDIUM，需要提高到HIGH吗。副本的out文件上传到附件了。
我结构优化用的是TZVP，算能量根据您上次的建议用的TZV2P，可以算动。如果再，往下降的话，就降到DZVP了，这个算CI-NEB是够用的吗。截断能这部分，我也做过测试，可能是体系比较大的原因，一直到800和80，能量的变化还有0.005Ha左右的变化；真空层我也做过测试，15A和20A之间能量相差是0.007Ha。保险起见，我就按600和60高一点的标准算了。您看这个是合理的吗？如果可以降的话，可以降到什么范围呢？
对于计算使用内存的情况，对于同样的体系，使用相同的设置，无论是结构优化还是CI-NEB，单个MPI进程使用的内存资源应该是相差不多的，但是为什么用起来感觉相差这么大吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-3 23:50

大耳朵涂涂发表于 2024-5-3 23:41
谢谢sob老师。副本的out文件里没有与报错有关的信息，我设置的PRINT-LEVEL是MEDIUM，需要提高到HIGH吗。 ...

CI-NEB用的级别/设置和常规几何优化档次一样
CI-NEB同时跑很多副本，MPI进程数相同的情况下，消耗的内存量远远多于做几何优化
CUTOFF 400够了。原子数很多的时候，收敛性测试不是对总能量而言的，而是对平均每原子而言的。

作者
Author: 1764360701 时间: 2024-5-6 10:16
你好，看了你的.inp文件，看到了一些相关磁性设置的参数，请问你磁性数值的设置是依据啥来设置的，谢谢你

作者
Author: 大耳朵涂涂 时间: 2024-5-6 15:14

sobereva 发表于 2024-5-3 23:50
CI-NEB用的级别/设置和常规几何优化档次一样
CI-NEB同时跑很多副本，MPI进程数相同的情况下，消耗的内存 ...

哦哦好的，谢谢sob老师。这几天试了一下，把CUTTOFF降到400就可以正常跑了。

作者
Author: 大耳朵涂涂 时间: 2024-5-6 15:28

1764360701 发表于 2024-5-6 10:16
你好，看了你的.inp文件，看到了一些相关磁性设置的参数，请问你磁性数值的设置是依据啥来设置的，谢谢你

我的体系之前用VASP跑过，VASP给出了各个原子的磁矩信息，然后我就将主要带磁性的原子的VASP的磁性信息作为初猜，用到CP2K里做晶胞优化。算的时候，我给同样的初猜，设置不同的自旋多重度，收敛之后比较能量，取能量最低的作为后续计算的设置。
我后来也仔细看了一下，CP2K最后收敛的具体的原子的磁性信息与VASP的也不太一样，但是大体上材料的磁性还是可以对上的，都算出来是反铁磁性的，CP2K最后能量最小的多重度设置与VASP算出来的MAG结果也可以对上，所以我就按照这个往下算了。
CP2K的这个磁性还是挺麻烦的，我也折腾了好久。初猜的磁矩，初始给的自旋多重度，都有挺大的影响。我也试过打开 RELAX_MULTYPLICITY，但是好像结果并不太理想，不收敛的依然不收敛。

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