计算化学公社

标题: 在使用GROMACS进行x2top时出现了Can not find forcefield for atom错误 [打印本页]

作者
Author: 1758924310 时间: 2024-5-4 11:25
标题: 在使用GROMACS进行x2top时出现了Can not find forcefield for atom错误
如题，在对纤维素进行x2top时出现了
Can not find forcefield for atom O4-21 with 1 bonds
Can not find forcefield for atom C1-400 with 3 bonds
...
的错误，但并不是所有原子都出错

Fatal error:
Could only find a forcefield type for 5852 out of 5880 atoms

只有部分原子出错，这种问题是怎么产生的，应该如何更改呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-4 16:12
纤维素根本不适合用x2top搞
多糖类适合用glycam力场，用Ambertools的leap产生glycam的拓扑文件，然后acpype转成gromacs的拓扑文件格式

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