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标题: aIGM分析绘图分析求助 [打印本页]

作者
Author: Tiamo 时间: 2024-5-4 21:06
标题: aIGM分析绘图分析求助
求教各位老师，参考Multiwfn手册的方法，冻结MOL原子做一段动力学模拟后进行aIGM分析，定义了两个片段，片段一为氨基酸残基，片段二为小分子，但是生成的aIGM图像在黄圈处出现了两个残基之间的相互作用的等值面，请教这部分应该怎么屏蔽呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-4 21:27
原子序号没输对

作者
Author: Tiamo 时间: 2024-5-6 20:19

sobereva 发表于 2024-5-4 21:27
原子序号没输对

感谢老师指导，果然是序号看错了，另请教老师，在实际应用中，冻结配体的动力学模拟时长1ns足够了，还是需要延长至5ns是否会更好一些？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-8 19:27

Tiamo 发表于 2024-5-6 20:19
感谢老师指导，果然是序号看错了，另请教老师，在实际应用中，冻结配体的动力学模拟时长1ns足够了，还是 ...

配体附近残基的位置变化范围越小、越显得刚性，通常动力学时间可以越短，反之需要越长，要不然动力学采样和相应的aIGM展现的信息不充分

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