计算化学公社

标题: Z方向不考虑周期性的MD如何进行轨迹的周期性修正 [打印本页]

作者
Author: captain 时间: 2024-5-4 21:59
标题: Z方向不考虑周期性的MD如何进行轨迹的周期性修正
本帖最后由 captain 于 2024-5-4 22:03 编辑

用CP2K进行MD计算（Z方向不考虑周期性）后，对轨迹进行周期性修正。定义pbc并运行pbc wrap，发现个别帧会出现少量分子在Z方向上从盒子一头穿越到另一头。
请问大神这是不是由于修正时Z方向也考虑周期性造成的？应如何处理？另外如果不进行轨迹的周期性修正，对于分析分子间的作用是否会有影响？
谢大神指点！

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-4 22:23
是
把z方向盒子设得巨大再用此命令

作者
Author: captain 时间: 2024-5-5 09:43

sobereva 发表于 2024-5-4 22:23
是
把z方向盒子设得巨大再用此命令

好的，多谢大神指点！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)