计算化学公社

标题: 对周期性体系进行IGM分析时的边界问题 [打印本页]

作者
Author: wang_ 时间: 2024-5-5 12:10
标题: 对周期性体系进行IGM分析时的边界问题
各位老师好，我在进行准分子IGM分析时遇到了一个问题，由于我的优化后的单胞内没有完整的分子，因此在进行IGM分析前我构建了超胞进行分析，但是由于原本的单胞在边界上不完整，导致进行IGM分析时边界出现了类似氢键一样的等值面，我想请教一下如何解决边界上的这个问题，是在进行片段选取的时候不选择那些不完整的分子吗

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-5 13:43
根本没必要构造超胞，直接效仿下文，让Multiwfn基于原胞自动抠出个团簇就完了
使用Multiwfn做IGMH分析非常清晰直观地展现化学体系中的相互作用
http://sobereva.com/621（http://bbs.keinsci.com/thread-28147-1-1.html）
使用Multiwfn做Hirshfeld surface分析直观展现分子晶体和复合物中的相互作用
http://sobereva.com/701（http://bbs.keinsci.com/thread-43178-1-1.html）

作者
Author: wang_ 时间: 2024-5-5 15:18

sobereva 发表于 2024-5-5 13:43
根本没必要构造超胞，直接效仿下文，让Multiwfn基于原胞自动抠出个团簇就完了
使用Multiwfn做IGMH分析非常 ...

sobereva老师，您好，我看到您给的例子有些是直接使用周期性输出文件直接进行弱相互作用作用分析，有些是抠出团簇进行分析，请问这两者区别大吗，抠出团簇的话会丢失周期性计算的一些东西吗

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-5 23:54

wang_ 发表于 2024-5-5 15:18
sobereva老师，您好，我看到您给的例子有些是直接使用周期性输出文件直接进行弱相互作用作用分析，有些是 ...

看具体体系，没法一概而论
有的体系本来就不适合抠成簇模型，而有的体系，诸如尿素晶体，抠成簇模型考察起来可能还更方便
簇模型只要足够大、边界考虑得合理，就不会因为忽略周期性造成什么问题。

作者
Author: wang_ 时间: 2024-5-6 15:27

sobereva 发表于 2024-5-5 23:54
看具体体系，没法一概而论
有的体系本来就不适合抠成簇模型，而有的体系，诸如尿素晶体，抠成簇模型考察 ...

那我明白啦，谢谢sobereva老师

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