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标题: 用cellulose-builder构建纤维素后，在gromacs中用charmm36力场处理纤维素，pdb2gmx... [打印本页]

作者
Author: 雨中宇 时间: 2024-5-5 16:37
标题: 用cellulose-builder构建纤维素后，在gromacs中用charmm36力场处理纤维素，pdb2gmx...
使用gromacs的pdb2gmx应用charmm36立场使纤维素pdb文件（cellulose-builder）生成topol文件过程中报错

Fatal error:
Residue 1 named BGLC of a molecule in the input file was mapped
to an entry in the topology database, but the atom O1 used in
that entry is not found in the input file. Perhaps your atom
and/or residue naming needs to be fixed.

REMARK  crystal`s basis vectors components in Angstrom.
REMARK  crystal basis vector 1: ( 15.568 0 0 )
REMARK  crystal basis vector 2: ( -1.856759112221206 16.29656557680739 0 )
REMARK  crystal basis vector 3: ( 0 0 51.90000000000001 )
REMARK original generated coordinate pdb file
底下是我的pdb文件的一部分，整体太大了故只截取部分
ATOM    1  C1  BGLCX 1    0.148  -0.342 0.449  1.00  0.00    M0 C
ATOM    2  H1  BGLCX 1    1.093  -0.153 0.621  1.00  0.00    M0 H
ATOM    3  C5  BGLCX 1    0.055 1.296  -1.279  1.00  0.00    M0 C
ATOM    4  H5  BGLCX 1    1.004 1.484  -1.131  1.00  0.00    M0 H
ATOM    5  O5  BGLCX 1    -0.528 0.807  -0.055  1.00  0.00    M0 O
ATOM    6  C2  BGLCX 1    -0.032  -1.499  -0.536  1.00  0.00    M0 C
ATOM    7  H2  BGLCX 1    -0.972  -1.774  -0.567  1.00  0.00    M0 H
ATOM    8  O2  BGLCX 1    0.766  -2.559  -0.003  1.00  0.00    M0 O
ATOM    9  HO2 BGLCX 1    0.581  -2.603 0.955  1.00  0.00    M0 H
ATOM    10  C3  BGLCX 1    0.439  -1.116  -1.918  1.00  0.00    M0 C
ATOM    11  H3  BGLCX 1    1.420  -1.078  -1.910  1.00  0.00    M0 H
ATOM    12  O3  BGLCX 1    0.032  -2.127  -2.864  1.00  0.00    M0 O
ATOM    13  HO3 BGLCX 1    0.593  -1.956  -3.651  1.00  0.00    M0 H
ATOM    14  C4  BGLCX 1    -0.082 0.244  -2.336  1.00  0.00    M0 C
ATOM    15  H4  BGLCX 1    -1.041 0.143  -2.517  1.00  0.00    M0 H
ATOM    16  O4  BGLCX 1    0.535 0.701  -3.554  1.00  0.00    M0 O
ATOM    17  HO4 BGLCX 1    0.519  -0.030  -4.223  0.00  0.00    M0 H
ATOM    18  C6  BGLCX 1    -0.662 2.599  -1.588  1.00  0.00    M0 C
ATOM    19  H61 BGLCX 1    -1.576 2.411  -1.846  1.00  0.00    M0 H
ATOM    20  H62 BGLCX 1    -0.676 3.155  -0.794  1.00  0.00    M0 H
ATOM    21  O6  BGLCX 1    -0.001 3.284  -2.637  1.00  0.00    M0 O
ATOM    22  HO6 BGLCX 1    -0.569 4.012  -2.958  1.00  0.00    M0 H
ATOM    23  C1  BGLCX 2    -0.148 0.342 5.639  1.00  0.00    M0 C
ATOM    24  H1  BGLCX 2    -1.093 0.153 5.811  1.00  0.00    M0 H
在网上看了一些帖子说是rtp文件和pdb文件中的原子顺序不符，是应该修改charmm36立场中糖的rtp文件，还是修改pdb文件中的原子顺序具体该怎么改呢，看了好多帖子好懵啊

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-5 19:09
参看北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt里的解释：

(, 下载次数 Times of downloads: 15)

作者
Author: 雨中宇 时间: 2024-5-6 08:12

sobereva 发表于 2024-5-5 19:09
参看北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt里的 ...

好的老师我重新检查一下

作者
Author: 雨中宇 时间: 2024-5-6 15:40

sobereva 发表于 2024-5-5 19:09
参看北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt里的 ...

老师我检查了下发现我的残基类型与其他人基于CLYCAM06立场定义的NBG残基定义一致，原子名完全相同，但是他是在amber14sb立场包里，可以把相应的定义改写到charmm36立场中吗，会兼容吗，比如把NBG残基的rtp信息加入到charmm36的插入carb.rtp中，将pdb文件中的残基名都改为NBG，在改写residuetype.dat，在其中加入NBG，在改编SPCEbond4.dat文件

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-8 19:03

雨中宇发表于 2024-5-6 15:40
老师我检查了下发现我的残基类型与其他人基于CLYCAM06立场定义的NBG残基定义一致，原子名完全相同，但是 ...

不兼容
跟别人一样用AMBER14SB'就完了

作者
Author: swagger 时间: 2025-11-10 15:12

雨中宇发表于 2024-5-6 15:40
老师我检查了下发现我的残基类型与其他人基于CLYCAM06立场定义的NBG残基定义一致，原子名完全相同，但是 ...

大佬，我也用cellulose bulider构建纤维素，但是两端一端羟基缺少氢，一端碳上缺少羟基，我看您的结构文件好像是完整的，想请教您，您是自己补了原子吗？还是说其他方式？

作者
Author: pendft 时间: 2026-1-6 10:27

swagger 发表于 2025-11-10 15:12
大佬，我也用cellulose bulider构建纤维素，但是两端一端羟基缺少氢，一端碳上缺少羟基，我看您的结构文 ...

您好，可以请教下纤维素模型的建立方法吗？

作者
Author: student0618 时间: 2026-1-6 14:29

pendft 发表于 2026-1-6 10:27
您好，可以请教下纤维素模型的建立方法吗？

先直接看程序的文档试试，遇到实际问题再问较好哦。

作者
Author: yuzc 时间: yesterday 15:50
Radonpy现在支持GLYCAM06，有pdb就行。之前有文献对比过GROMOS,CHARMM36,GLYCAM06，发现GLYCAM06做纤维素晶体最好。

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