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标题: Gromacs模拟进行能量最小化步骤时报错蛋白质的原子之间相互作用距离超过盒子的一半 [打印本页]

作者
Author: 风神Mukhta 时间: 2024-5-5 19:05
标题: Gromacs模拟进行能量最小化步骤时报错蛋白质的原子之间相互作用距离超过盒子的一半
本帖最后由风神Mukhta 于 2024-5-5 19:05 编辑

具体报错内容如下
Fatal error:There are inconsistent shifts over periodic boundaries in a molecule type
consisting of 9220 atoms. The longest distance involved in such interactions
is 11.741 nm which is above half the box length. Either you have excessively
large distances between atoms in bonded interactions or your system is
exploding.

我先用packmol进行体系建模一个12×12×20nm的盒子，然后分别进行

gmx pdb2gmx -f BSA.pdb -o BSA.gro -water spc -ptopol.top

gmx editconf -f packmol_box.pdb-o packmol_box.gro

gmx editconf -f packmol_box.gro -box 12.3 12.3 20.3-o new_box.gro

gmx solvate -cp new_box.gro-cs spc216.gro -p topol.top -o solv.gro

gmx grompp -f ions.mdp -csolv.gro -p topol.top -o ions.tpr -maxwarn 4

gmx genion -s ions.tpr -osolv_ions.gro -p topol.top -pname NA -nname CL -np 48

gmx grompp -f em.mdp -csolv_ions.gro -p topol.top -o em.tpr -maxwarn 2

gmx mdrun -v -deffnm em（这步报错）

我选择的力场是AMBER99，附上部分文件。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-5 19:20
被include的itp都没给，无从准确判断

仔细检查[molecules]里的分子顺序和各个分子的[atoms]里的原子顺序与结构文件的对应关系
并且先简化体系，蛋白质+水跑成功了再说引入小分子的事，反复对比找原因

而且[atomtypes]里出现的原子类型一看就莫名其妙，诸如怎么能有UF_Na，倘若体系里有Na离子，应当用ions.itp里对Na的定义来描述，根本不是用sobtop去创建拓扑文件的场合。

作者
Author: iroll 时间: 2024-7-21 19:04
请问楼主解决问题了吗？我与你的问题相似

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