计算化学公社

标题: gromacs跑出来prod.gro在VMD中不均匀 [打印本页]

作者
Author: hongwulin 时间: 2024-5-6 00:36
标题: gromacs跑出来prod.gro在VMD中不均匀
计算化学刚开始学习，想跑2M LiFSI在体积比为1比1的EMC+TTE溶剂中的电解液，通过计算在10nm*10nm*10nm的盒子中分子数分别为1204，2304和1078，但在gmx insert-molecules中插入不了这么多原子，然后我将分子数都除2插入进去，最终跑出来结果不均匀。如图右下角都是空的，随后更改盒子大小和配方都会跑出来不均匀

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-6 00:43
利用压浴将之消掉（自发调整密度）
盒子平衡之前不要用PR压浴，这是基本的常识
用Berendsen压浴，并结合较小的ref_p加速这个过程

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