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标题: GROMACS rerun使用energygrps以及cutoff来计算相互作用能是否需要提前处理轨迹？ [打印本页]

作者
Author: 社会主义小战士 时间: 2024-5-6 09:07
标题: GROMACS rerun使用energygrps以及cutoff来计算相互作用能是否需要提前处理轨迹？
如题。
各位前辈好，想知道在GROMACS中计算相互作用能的时候，
当体系中部分分子越过周期性边界的情况下，
如何处理周期性边界条件呢？

体系是一堆分子聚在一起，但是这个聚集的整体有一小部分越过了周期性边界，从盒子的另一边进来了。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-6 11:28
不用处理。gromacs计算势能时自动就考虑了PBC

作者
Author: 社会主义小战士 时间: 2024-5-6 16:07

sobereva 发表于 2024-5-6 11:28
不用处理。gromacs计算势能时自动就考虑了PBC

谢谢社长！

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