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标题: SMD COM pulling 拉伸距离突然为负值 [打印本页]

作者
Author: Yaozhi_Yang 时间: 2024-5-6 16:28
标题: SMD COM pulling 拉伸距离突然为负值
请教大家一个问题，最近使用GROMACS2023做蛋白质的SMD拉伸模拟，在输出的拉伸距离文件中发现拉伸点间的距离突然变为负值，如下如所示。
我猜可能是周期性边界条件的原因，如果是这个原因，该如何修正呢（使距离继续增加）？
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下面是模拟中设置的拉伸代码
pull                   = yes
pull_ncoords          = 1
pull_ngroups          = 2
pull_group1_name       = NCA
pull_group2_name       = CCA
pull_coord1_type       = constant-force
pull_coord1_geometry = direction-periodic
pull_coord1_vec       = 1 0 0
pull_coord1_dim       = Y N N
pull_coord1_groups    = 1 2
pull_coord1_start    = yes
pull_coord1_k          = -100

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