计算化学公社

标题: PBS提交gamess作业报错应该怎么办 [打印本页]

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Author: 猫头鹰 时间: 2024-5-6 18:35
标题: PBS提交gamess作业报错应该怎么办
本帖最后由猫头鹰于 2024-5-6 20:16 编辑

各位老师好，我在服务器上安装gamess之后，作业在服务器的主节点上可以运行。我想用PBS在计算节点上提交作业，但是提交之后总是排上之后就出错，没有出现报错文件（log文件或者gms文件）。以下是rungms文件，PBS文件和inp文件：

作者
Author: zjxitcc 时间: 2024-5-6 19:37
你这是正常算完的，能量和力看上去也是正常的，不过输出文件里有一些警告信息
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_UNDERFLOW_FLAG IEEE_DENORMAL
这个要考虑一下是不是GAMESS编译得有问题。

另外，建议把>& $OUTPUT改成> $OUTPUT 2>&1

作者
Author: 猫头鹰 时间: 2024-5-6 20:25

zjxitcc 发表于 2024-5-6 19:37
你这是正常算完的，能量和力看上去也是正常的，不过输出文件里有一些警告信息
Note: The following floati ...

非常感谢老师的回复。帖子出了点问题，现在对帖子进行了修改。学生认为问题可能出现在两个地方，一个是PBS文件本身，一个是rungms文件设置的有问题（根据安装流程把hostname改成了主节点名称，需要把计算节点加进来吗），麻烦老师了

作者
Author: zjxitcc 时间: 2024-5-6 21:08
本帖最后由 zjxitcc 于 2024-5-6 21:22 编辑

猫头鹰发表于 2024-5-6 20:25
非常感谢老师的回复。帖子出了点问题，现在对帖子进行了修改。学生认为问题可能出现在两个地方，一个是PB ...

把hostname修改成节点名称这是很旧的GAMESS的安装方式，这几年的GAMESS早就不用这样了。rungms文件只需要修改三个路径（SCR，USERSCR，GMSPATH），推荐阅读《GAMESS简易编译教程》
另外提醒一下，rungms文件呆在gamess/目录里就行，不用移动/复制到别的地方。

作者
Author: 猫头鹰 时间: 2024-5-6 23:33

zjxitcc 发表于 2024-5-6 21:08
把hostname修改成节点名称这是很旧的GAMESS的安装方式，这几年的GAMESS早就不用这样了。rungms文件只 ...

老师好，现在已经按照《GAMESS简易编译教程》重新安装gamess了，可以运行gms命令，细微的差别是在rungms文件中set SCR=/scratch/jxzou/gamess 和 set USERSCR=/scratch/jxzou/gamess两行的路径我是在gamess安装目录中新建了scratch文件夹然后写的引到这个文件夹的，临时文件就保存在该文件夹中。但是pbs还是交不了作业，情况仍然如帖子所示：显示R之后没有计算就结束了，没有产生log文件或者gms文件，scratch文件夹中也没有文件。这样的话，问题可能在两个地方了：一个是pbs文件写错了（最后一行命令按照老师上次说的进行了修改），一个是环境变量需不需要再加点什么呢，在系统中，我只是按照教程添加了alias gms='/home/sym/gamess/rungms'。

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Author: zjxitcc 时间: 2024-5-7 11:35

猫头鹰发表于 2024-5-6 23:33
老师好，现在已经按照《GAMESS简易编译教程》重新安装gamess了，可以运行gms命令，细微的差别是在rungms ...

alias写在~/.bashrc中、或者在终端中敲入，虽然可以在当前终端中使用，但都不能被pbs脚本识别。你可以把它改成export GMS=/home/sym/gamess/rungms，然后退出重登，pbs脚本中使用$GMS提交任务，而非gms。

.gms输出文件名后缀是用户指定的，GAMESS本身不会产生.gms文件，这个是很多GAMESS用户的选择，而不是GAMESS官方说会产生的文件。比如
$GMS xxx.inp 00 4 >xxx.gms 2>&1
这样当然就会产生xxx.gms文件。

作者
Author: 猫头鹰 时间: 2024-5-7 15:24

zjxitcc 发表于 2024-5-7 11:35
alias写在~/.bashrc中、或者在终端中敲入，虽然可以在当前终端中使用，但都不能被pbs脚本识别。你可以把 ...

非常感谢老师的建议，修改完毕后还是不太行，出现的问题还是提交不上，

没有报错文件，因此找了另一个pbs脚本，运行后出现了新的问题。出现这个问题后，按照前人的帖子利用root权限改了主节点和计算节点的stacksize之后这个问题仍然没有解决。以下是新的pbs文件以及相应的报错文件：

作者
Author: zjxitcc 时间: 2024-5-7 15:57
本帖最后由 zjxitcc 于 2024-5-7 15:58 编辑

猫头鹰发表于 2024-5-7 15:24
非常感谢老师的建议，修改完毕后还是不太行，出现的问题还是提交不上，没有报错文件，因此找了另一个 ...

您已陷入乱试，胡乱copy。两行export完全没用，也不需要修改主节点和计算节点的stacksize，你需要的是找到一个师兄或者机器管理员，当场帮你看一下，2min解决问题。

作者
Author: 猫头鹰 时间: 2024-5-7 16:04

zjxitcc 发表于 2024-5-7 15:57
您已陷入乱试，胡乱copy。两行export完全没用，也不需要修改主节点和计算节点的stacksize，你需要的是找 ...

好的好的，谢谢老师的回答

作者
Author: 猫头鹰 时间: 2024-5-8 20:54

猫头鹰发表于 2024-5-7 16:04
好的好的，谢谢老师的回答

问题已解决，是pbs文件和rungms文件中设置的问题。

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