计算化学公社

标题: GROMACS安装遇到的报错 [打印本页]

作者
Author: xyz0101 时间: 2024-5-6 22:47
标题: GROMACS安装遇到的报错
各位老师好！按sob老师教程中遇到了以下报错
所用到的cmake版本为3.28.2
fftw版本为3.3.8
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
make[2]: *** [src/gromacs/CMakeFiles/libgromacs.dir/build.make:2575: src/gromacs/CMakeFiles/libgromacs.dir/awh/biasparams.cpp.o] Error 1
make[2]: *** Waiting for unfinished jobs....
In file included from /home/wangzgjlu/software/gmx/gromacs-2018.8/src/gromacs/gmxana/gmx_disre.cpp:61:
/home/wangzgjlu/software/gmx/gromacs-2018.8/src/gromacs/mdlib/mdatoms.h:67:7: warning: 'gmx::MDAtoms' declared with greater visibility than the type of its field 'gmx::MDAtoms::mdatoms_' [-Wattributes]
67 | class MDAtoms
| ^~~~~~~
make[1]: *** [CMakeFiles/Makefile2:3450: src/gromacs/CMakeFiles/libgromacs.dir/all] Error 2
make: *** [Makefile:166: all] Error 2
--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
makefile中第166行代码为
$(MAKE) $(MAKESILENT) -f CMakeFiles/Makefile2 all

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-8 06:56
交代清楚用的操作系统和版本
若是较新的系统就编译较新的gromacs

作者
Author: xyz0101 时间: 2024-5-8 14:04

sobereva 发表于 2024-5-8 06:56
交代清楚用的操作系统和版本
若是较新的系统就编译较新的gromacs

老师，您好！
我是按照http://sobereva.com/457，在linux系统下安装的，GROMACS 2018.8压缩包。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-8 20:08

xyz0101 发表于 2024-5-8 14:04
老师，您好！
我是按照http://sobereva.com/457，在linux系统下安装的，GROMACS 2018.8压缩包。

让你说的是linux具体发行版、具体版本

作者
Author: xyz0101 时间: 2024-5-9 16:40

sobereva 发表于 2024-5-8 20:08
让你说的是linux具体发行版、具体版本

老师抱歉，以下是Linux系统版本的信息：
LSB Version: :core-4.1-amd64:core-4.1-noarch:cxx-4.1-amd64:cxx-4.1-noarch:desktop-4.1-amd64:desktop-4.1-noarch:languages-4.1-amd64:languages-4.1-noarch:printing-4.1-amd64:printing-4.1-noarch
Distributor ID: CentOS
Description: CentOS Linux release 7.5.1804 (Core)
Release: 7.5.1804
Codename: Core

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-10 07:54

xyz0101 发表于 2024-5-9 16:40
老师抱歉，以下是Linux系统版本的信息：
LSB Version: :core-4.1-amd64:core-4.1-noarch:cxx-4.1-amd64: ...

运行gcc --version看显示什么

作者
Author: xyz0101 时间: 2024-5-10 21:31

sobereva 发表于 2024-5-10 07:54
运行gcc --version看显示什么

老师，是这样显示的，gcc (GCC) 4.8.5 20150623 (Red Hat 4.8.5-28)

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-10 21:48

xyz0101 发表于 2024-5-10 21:31
老师，是这样显示的，gcc (GCC) 4.8.5 20150623 (Red Hat 4.8.5-28)

编译过程用-j了没有？
用的话去掉重新编译

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