计算化学公社

标题: 晶体中无完整分子绘制电子密度图问题 [打印本页]

作者
Author: wang_ 时间: 2024-5-6 22:55
标题: 晶体中无完整分子绘制电子密度图问题
请教下各位老师，我的晶胞里面没有完整的分子，在绘制电子密度图的时候电子结果和我预想的不一样，想请问下这个情况要怎么解决，如果进行几何操作的话，这个波函数是不是就不是原来的波函数了？
另外，手册说明的cube文件包含原子坐标和格点数据，如果得到电子电荷密度的cube，还能做其他操作吗，还是只能进行绘图

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-7 14:36
说清楚“手册”指什么手册、什么程序绘制，当前描述完全莫名其妙
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）
把晶胞结构图明确给出来

作者
Author: wang_ 时间: 2024-5-7 17:16

sobereva 发表于 2024-5-7 14:36
说清楚“手册”指什么手册、什么程序绘制，当前描述完全莫名其妙
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题 ...

不好意思，sobereva老师，因为有时候打M u l t i w f n会因为包含不良信息发不出去，所以没有写上去
以下我的晶胞结构，它在单胞中是没有完整分子结构的，我在使用CRYSPLOT（https://crysplot.crystalsolutions.eu/page_topond.html）绘制电子密度的时候，这个图像显示不太完整
后面我在CRYSTAL的PL3D绘制中得到了cube文件，看到M u l t i f w n手册支持使用格点数据进行拓扑分析，但是M u l t i f w n在进行临界点搜索的时候却显示临界点为零，我猜测可能是因为输出的cube文件和标准的cube文件不一样，但是也不太确定

作者
Author: luchen 时间: 2024-5-7 17:21
正交晶胞平移一下就行了啊

作者
Author: wang_ 时间: 2024-5-7 17:47

luchen 发表于 2024-5-7 17:21
正交晶胞平移一下就行了啊

您好，请问一下平移是指扩胞还是什么呢，我这个是单斜晶系，也可以吗

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-8 20:20

wang_ 发表于 2024-5-7 17:16
不好意思，sobereva老师，因为有时候打M u l t i w f n会因为包含不良信息发不出去，所以没有写上去
以 ...

发不出去是因为你根本没拼对Multiwfn
这次你就拼错了，M u l t i f w n

计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298（http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html）
(, 下载次数 Times of downloads: 35)

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-8 20:22
基于格点数据做拓扑文件的前提是你把settings.ini里的iuserfunc设为了-1或-3，令user-defined function对应基于格点数据插值的函数，仔细看Multiwfn手册2.7节，之后在拓扑分析界面里把被分析的函数用选项-11选成user-defined function

作者
Author: wang_ 时间: 2024-5-8 21:32

sobereva 发表于 2024-5-8 20:20
发不出去是因为你根本没拼对Multiwfn
这次你就拼错了，M u l t i f w n

不好意思，sobereva老师，我之前应该就是拼错了没发出去，多谢指正，不然我还不清楚原因

作者
Author: wang_ 时间: 2024-5-8 21:43

sobereva 发表于 2024-5-8 20:22
基于格点数据做拓扑文件的前提是你把settings.ini里的iuserfunc设为了-1或-3，令user-defined function对应 ...

sobereva老师，我是根据您在Multiwfn英文论坛上的一个帖子（http://sobereva.com/wfnbbs/viewtopic.php?pid=2276）进行操作的，也设置settings.ini里面的iuserfunc为-3，但临界点搜索结果显示临界点个数为0，我也将iuserfunc为-1，结果仍然是一样，我不太清楚有哪些情况可能会导致这种结果

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-10 07:25

wang_ 发表于 2024-5-8 21:43
sobereva老师，我是根据您在Multiwfn英文论坛上的一个帖子（http://sobereva.com/wfnbbs/viewtopic.php?p ...

没具体文件没法说
cube文件压缩后传网盘贴链接

作者
Author: wang_ 时间: 2024-5-10 09:51

sobereva 发表于 2024-5-10 07:25
没具体文件没法说
cube文件压缩后传网盘贴链接

sobereva老师，我后面也尝试使用Multiwfn的处理网格数据打开cube文件，但是会出现错误，显示网格数据无法加载或产生，我看了下cube文件，还是不清楚问题在哪，以下是cube文件的网盘链接，劳您过目下
链接：https://pan.baidu.com/s/1GuGUw3Zpe3FYrqFBGQ2ung
提取码：916r

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-10 17:08

wang_ 发表于 2024-5-10 09:51
sobereva老师，我后面也尝试使用Multiwfn的处理网格数据打开cube文件，但是会出现错误，显示网格数据无法 ...

文件有严重问题
首先，后缀应改为cub或cube，否则Multiwfn不把它当cube文件看待并读取里面的数据
而且，当前格点数据有严重异常，不管是Multiwfn的主功能0还是VESTA等其它程序，看到的等值面跟分子结构完全不对应

(, 下载次数 Times of downloads: 38)

先确保cub文件本身有意义，再说找临界点的事

作者
Author: wang_ 时间: 2024-5-10 22:02

sobereva 发表于 2024-5-10 17:08
文件有严重问题
首先，后缀应改为cub或cube，否则Multiwfn不把它当cube文件看待并读取里面的数据
而且 ...

oh，我明白了，sobereva老师，原来是我的后缀名是大写，所以Multiwfn无法识别，然后我的格点数据设置不合理，只囊括当前结构的半个原子，完全整清楚了，谢谢老师指点，太感谢了

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