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标题: 请教:如何先将体系按X轴分区域，再沿Z轴进行密度分析？ [打印本页]

作者
Author: longhahaha 时间: 2024-5-7 15:19
标题: 请教:如何先将体系按X轴分区域，再沿Z轴进行密度分析？
各位老师，我现在想按照X轴将体系分成受限孔内和体相两部分（如下图），进一步选择红色方框区域，再按照Z轴进行密度分析，该如何进行操作呢，gmx density 命令貌似只能进行单个方向x/z的分析，我是需要对轨迹文件进行处理，自己写程序实现么，还是可以添加命令就能实现？
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作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-8 06:21
恰当构建索引文件，把要统计区域的原子定义成组，在gmx density里选择相应的组

作者
Author: longhahaha 时间: 2024-5-8 11:32

sobereva 发表于 2024-5-8 06:21
恰当构建索引文件，把要统计区域的原子定义成组，在gmx density里选择相应的组

卢老师，我还有点疑问，比如取样200-300帧的平均密度，将要统计区域的原子定义成组后，该区域的原子一旦移出或者旁边的原子进入，gmx density计算出的该组密度是不是就不能代表统计区域的密度了

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-8 20:09

longhahaha 发表于 2024-5-8 11:32
卢老师，我还有点疑问，比如取样200-300帧的平均密度，将要统计区域的原子定义成组后，该区域的原子一旦 ...

是
可以自己写VMD tcl脚本进行这种分析，每一帧重新更新选区

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