计算化学公社

标题: 使用gromacs和travis生成的空间分布函数SDF不一致？ [打印本页]

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Author: moni0823 时间: 2024-5-7 15:29
标题: 使用gromacs和travis生成的空间分布函数SDF不一致？
各位老师同学好，目前我正在尝试画CO2在溶剂中的空间分布函数（SDF），从论坛中学习了两种方法：
1.将CO2置于盒子中心，然后按中心分子对轨迹进行叠合, 移除中心分子的转动和平动，对所需要分析的对象C1设置了一个索引文件，最后通过spatial命令产生了cube文件，导入vmd以等值面模式查看结构，其结构如fig1所示，isovalue为14.5。
2.使用travis软件进行分析，根据这个帖子进行的操作travis + vmd 绘制空间分布函数(Spatial Distribution Function , SDF)流程攻略 - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社 (keinsci.com)，关于操作的设置和log文件如下。同样导入vmd显示结构，如图fig2所示，isovalue为14.75。在这两种方法中，我想分析的都是CO2周围C1原子的分布情况，但是如图所示，这两种结构的差异非常大，想问一下，我是有什么做错了导致了这种情况。
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作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-8 06:19
说明travis没用对，我也不用那程序
直接用图1的结果就完了

作者
Author: moni0823 时间: 2024-5-8 10:06

sobereva 发表于 2024-5-8 06:19
说明travis没用对，我也不用那程序
直接用图1的结果就完了

sob老师您好，我还有一个问题想请教一下，关于这个isovalue的取值有什么讲究嘛？因为不同的isovalue呈现出来的构象都不一样，哪一个才是最适合的？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-8 20:11

moni0823 发表于 2024-5-8 10:06
sob老师您好，我还有一个问题想请教一下，关于这个isovalue的取值有什么讲究嘛？因为不同的isovalue呈现 ...

Multiwfn FAQ
http://sobereva.com/452
看里面Q63

作者
Author: 759884279 时间: 2024-8-28 21:34
朋友您好，请问您会用travis进行ADF角分布函数的分析吗？

作者
Author: moni0823 时间: 2024-8-29 09:54

759884279 发表于 2024-8-28 21:34
朋友您好，请问您会用travis进行ADF角分布函数的分析吗？

不好意思我不会，我只使用travis分析过空间分布函数

作者
Author: 759884279 时间: 2024-8-29 10:19

moni0823 发表于 2024-8-29 09:54
不好意思我不会，我只使用travis分析过空间分布函数

感谢您的回复，想再问问Travis有相关教程视频或者文件吗？虽然感觉和Sob老师开发的Multiwfn一样方便，但实在是无从下手...

作者
Author: 七尺贱 时间: 2024-8-29 17:02

759884279 发表于 2024-8-29 10:19
感谢您的回复，想再问问Travis有相关教程视频或者文件吗？虽然感觉和Sob老师开发的Multiwfn一样方便，但 ...

确实

作者
Author: yilan 时间: 2024-8-30 17:15
朋友，请问怎样移除中心分子的平动和转动啊？

按照sob老师的例子能做出SDF，但做自己的体系一直做不出来，步骤都是严格按照例子来的

作者
Author: moni0823 时间: 2024-8-31 14:31

yilan 发表于 2024-8-30 17:15
朋友，请问怎样移除中心分子的平动和转动啊？按照sob老师的例子能做出SDF，但做自己的体系一直做 ...

我是按照知乎上面帖子的操作去完成的，你可以试试看。https://zhuanlan.zhihu.com/p/528741207

作者
Author: yilan 时间: 2024-8-31 14:50

moni0823 发表于 2024-8-31 14:31
我是按照知乎上面帖子的操作去完成的，你可以试试看。https://zhuanlan.zhihu.com/p/528741207

非常感谢，我试试。

作者
Author: zxcvbnMia 时间: 2024-12-30 10:33

moni0823 发表于 2024-8-31 14:31
我是按照知乎上面帖子的操作去完成的，你可以试试看。https://zhuanlan.zhihu.com/p/528741207

你好，请问你有出现与帖子里的例子相同的情况吗？就是怎么调iso都无法出现明显的等值面

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