计算化学公社

标题: Multiwfn分析聚合物选取二聚体或团簇作为代表有意义吗？ [打印本页]

作者
Author: linlink 时间: 2024-5-8 10:39
标题: Multiwfn分析聚合物选取二聚体或团簇作为代表有意义吗？
求助：请问用Multiwfn分析半结晶聚合物的态密度、电子结构等相关性质。选取二聚体或者团簇进行分析对于整体聚合物分析有代表意义吗？或者说二聚体与整体对于态密度等指标分析，结果差异大吗？可以代替吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-8 18:35
没明显意义。几何结构、分子间相互作用都和凝聚态可能有显著差别。更适合用CP2K当周期性体系算

作者
Author: linlink 时间: 2024-5-8 18:55
谢谢老师，请问类似于态密度等指标我在文献中没有看到用高聚合度聚合物计算的，而且我试过扣一个比较大的团簇，弱相互作用不太好观察，请问老师选取较大团簇可以么

作者
Author: linlink 时间: 2024-5-10 08:19

sobereva 发表于 2024-5-8 18:35
没明显意义。几何结构、分子间相互作用都和凝聚态可能有显著差别。更适合用CP2K当周期性体系算

谢谢老师，我参照您的方法用CP2K跑出了周期性体系，现在有一个问题请教您，请问这个晶胞建模的大小对我研究弱相互作用影响大吗，就比如每个方向扩胞3倍或5倍

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-10 16:58

linlink 发表于 2024-5-10 08:19
谢谢老师，我参照您的方法用CP2K跑出了周期性体系，现在有一个问题请教您，请问这个晶胞建模的大小对我研 ...

先得说清楚原先晶胞多大
并且最好给截图
以及说清楚用什么方式研究弱相互作用

作者
Author: linlink 时间: 2024-5-11 08:45
本帖最后由 linlink 于 2024-5-11 08:46 编辑

sobereva 发表于 2024-5-10 16:58
先得说清楚原先晶胞多大
并且最好给截图
以及说清楚用什么方式研究弱相互作用

好的，不好意思老师。是这样，我的聚合物晶胞如图一所示。然后我现在是每个方向扩了两倍，如图二所示。目前是根据您的博文，CP2K计算后用Multiwfn进行RDG，IGMH，AIM等分析。目前我有两个问题：
1.扩胞的倍数不同对我计算的弱相互作用的可视化和数值有没有很大的差距。
2.如果我想比较同种类的聚合物晶体弱相互作用的区别，扩相同倍数然后进行计算比较是否有意义
谢谢老师，恳请老师解答

file:///C:/Users/sikai/Desktop/%E6%89%A9%E8%83%9E.jpg

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-12 02:38

linlink 发表于 2024-5-11 08:45
好的，不好意思老师。是这样，我的聚合物晶胞如图一所示。然后我现在是每个方向扩了两倍，如图二所示。目 ...

molden文件只能记录gamma点波函数，晶胞不够大的话，只考虑gamma点计算的结果本来就是不合理的。所以晶胞不够大时需要扩胞再算。图2那样通常没问题

不需要扩胞倍数相同，而需要gamma点计算时晶胞对每个体系来说都已经足够大，这样就可以对比

作者
Author: linlink 时间: 2024-5-12 10:29
谢谢sob老师，请问老师我都建模到图二这种大小是不是就可以

作者
Author: linlink 时间: 2024-5-12 15:59

sobereva 发表于 2024-5-12 02:38
molden文件只能记录gamma点波函数，晶胞不够大的话，只考虑gamma点计算的结果本来就是不合理的。所以晶胞 ...

sob老师，这个足够大的标准是不是我的晶胞里面有完整且对称的分子链就可以

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-12 17:26

linlink 发表于 2024-5-12 10:29
谢谢sob老师，请问老师我都建模到图二这种大小是不是就可以

是

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-12 17:27

linlink 发表于 2024-5-12 15:59
sob老师，这个足够大的标准是不是我的晶胞里面有完整且对称的分子链就可以

主要看晶胞尺寸，各方向最好>15埃，至少大于10埃

作者
Author: linlink 时间: 2024-5-14 22:14

sobereva 发表于 2024-5-12 17:27
主要看晶胞尺寸，各方向最好>15埃，至少大于10埃

sob老师，我按照您的指导完成了计算，但是我后面如果想对里面的氢键键能进行计算。如果挖团簇计算的话和我直接从晶体计算，结果有没有差异，差异大吗，谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-14 23:04

linlink 发表于 2024-5-14 22:14
sob老师，我按照您的指导完成了计算，但是我后面如果想对里面的氢键键能进行计算。如果挖团簇计算的话和 ...

说具体以什么方式算氢键键能

作者
Author: linlink 时间: 2024-5-14 23:55

sobereva 发表于 2024-5-14 23:04
说具体以什么方式算氢键键能

老师，方法想用Multiwfn做AIM分析，根据对应氢键的BCP的密度进行氢键键能计算

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-15 03:02

linlink 发表于 2024-5-14 23:55
老师，方法想用Multiwfn做AIM分析，根据对应氢键的BCP的密度进行氢键键能计算

簇挖得足够大令边界效应足够小的时候，对簇的中心区域进行分析，结果等同于晶体周期性计算时用足够大超胞（以此避免不考虑k点造成的不合理）的时候。当然前提是计算级别是相同的

作者
Author: linlink 时间: 2024-5-15 08:45

sobereva 发表于 2024-5-15 03:02
簇挖得足够大令边界效应足够小的时候，对簇的中心区域进行分析，结果等同于晶体周期性计算时用足够大超胞 ...

谢谢老师，
1.请问您说的这个计算级别是指运用的基组和方法等吗？
2.请问您说的簇足够大怎么界定，这是我按照您的挖簇方法取的团簇并计算的，您看足够大吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-16 00:27

linlink 发表于 2024-5-15 08:45
谢谢老师，
1.请问您说的这个计算级别是指运用的基组和方法等吗？
2.请问您说的簇足够大怎么界定，这是 ...

1 是
2 感兴趣的分子被周围一圈分子包完整了就够了。当前没问题

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