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标题: 请教分子结构扫描 [打印本页]

作者
Author: michaelm 时间: 2016-11-25 12:23
标题: 请教分子结构扫描
大家好，有一个问题需要大家指点一下，先谢谢了。

分子的某种性质，实验上在气态测量得到。这个性质通过量化计算也能得到。但是因为量化计算只能算某个固定结构，所以一般情况下只是优化结构后用能量最低的那个结构来进行计算。

我现在想试试用多个结构来计算后和实验进行对比。也就是说，计算多个稳定结构，对每个结构分别计算性质，然后按照玻尔兹曼分布加权平均后和实验对比。这么考虑的一个原因是，有些分子有相当的柔性，只考虑一个结构可能有所偏差。

我相信这种作法肯定有人做过了，因为我一直只做从头计算，对这部分不是很熟悉，请教一下各位大能，什么软件有专门的这个功能么？也就是迅速地用分子力学的方法，扫描势能面，从而得到某个分子各种优化结构。这种情况，一般是用什么力场能得到比较靠谱的结构呢？

谢谢大家！

作者
Author: xujian 时间: 2016-11-25 12:49
gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具www.sobereva.com/313

作者
Author: ahmadubuntu 时间: 2016-11-25 16:55
也可以使用fafoom和tinker来搜索构造空间

https://github.com/ptrab/fafoom

https://dasher.wustl.edu/tinker/

http://pubman.mpdl.mpg.de/pubman ... 3A5&view=EXPORT

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