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标题: 初始gro文件在能量最小化后残基名改变 [打印本页]

作者
Author: niumx 时间: 2024-5-8 21:22
标题: 初始gro文件在能量最小化后残基名改变
各位老师好！
新手小白一枚，我通过用gromacs中gmx insert-molecular 命令构建了含有3个名为UNK小分子和20个名为MOL小分子的模拟盒子，opls-aa力场，在ligpargen网站下载后分子名都为UNK，为了区分，把其中一种分子名称手动改为MOL，top文件也更改了分子名称。继而进行能量最小化，发现能量最小化后的gro文件中残基名全部变为UNK，名为MOL的分子也变成了UNK，分子信息没变，但是这使我在用VMD软件观察分子结构时不能通过残基名进行很好的观察，所以我想请教各位老师，为什么em后gro文件中的残基名会变呢？是什么原因导致的呢？如果不想让它改变残基名该怎么操作呢？恳请各位老师批评指教！附件分别为我insert-molecular后的gro文件、em后的gro文件、topol文件。

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作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-8 22:21
分子名和残基名是两码事，把分子的[moleculetype]里的[atoms]里的残基名也改成你想要的

作者
Author: niumx 时间: 2024-5-10 12:32
谢谢sob老师，问题已解决！

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