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标题: BOMD中，怎么实现分子以某一速度沿 Z 坐标向指定位置移动 [打印本页]

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Author: MD萌新 时间: 2024-5-9 10:44
标题: BOMD中，怎么实现分子以某一速度沿 Z 坐标向指定位置移动
本帖最后由 MD萌新于 2024-5-9 16:08 编辑

   最近看到几篇文献，由于是CP2K新手，对此有几个疑问想请各位大佬解答：

   1. 如图 1 所示，用 CP2K 进行 BOMD 模拟，实现了将 SO3 分子沿 Z 坐标以某一速度移动到指定位置，探索配合物在空气-水界面上的反应。CP2K 里用什么命令，以及怎么实现图  1 中的此过程？  文献 1 ：https://doi.org/10.1021/jacs.2c05807
   2. 成断键的反应应该怎么查看？怎么才能得到如图 2 以及视频里显示的这种效果（随着时间变化显示出成断键情况）？文献 2 ：https://doi.org/10.1021/jacs.2c09837
   3. 我想做的跟文献 1 类似，探究并得到气相分子在气液界面的分子间成断键情况。但是目前没有实验进行气液界面上的探究，如果发现界面上有成断键发生，该结合什么方法佐证气相分子在界面处会发生此反应（结合gaussian、元动力学、经典分子动力学计算自由能吗？）？
   4. 本人经典分子动力学用的 lammps ，如果想计算如图 3 所示的自由能变化，能采用什么方法？有案例吗？（目前检索到 COLVARS 可以实现，以及CP2K里的 plumed 也能计算自由能）

作者
Author: 七尺贱 时间: 2024-5-9 11:56
1.用Gview就可以简单的移动，比较粗糙；用VMD或者gromacs可以精确移动
2.成断键反应就用CP2K跑BOMD就可以，结果导入vmd，参考sob老师的“使VMD播放轨迹时同步显示帧号http://sobereva.com/13”
3.正常跑CP2K的分子动力学，观察到成断键不就行了
4.gromacs的伞状采样，别的软件也可以

作者
Author: MD萌新 时间: 2024-5-9 15:47
本帖最后由 MD萌新于 2024-5-9 16:10 编辑

七尺贱发表于 2024-5-9 11:56
1.用Gview就可以简单的移动，比较粗糙；用VMD或者gromacs可以精确移动
2.成断键反应就用CP2K跑BOMD就可以 ...

谢谢您，但是有一点没搞懂，就是 Gview 或者 VMD 如何对分子进行移动。我是想观察分子从气相过渡（即移动）到液相的过程中，在气液界面上会发生什么反应，因此跑模拟的时候应该需要提前设定好。您的意思是VMD里可以通过什么方式实现模拟过程中的移动是吗？我看到的原文是在 BOMD 里以 157 m/s 的速度让 SO3 分子沿 Z 轴运动。

作者
Author: 七尺贱 时间: 2024-5-9 19:48

MD萌新发表于 2024-5-9 15:47
谢谢您，但是有一点没搞懂，就是 Gview 或者 VMD 如何对分子进行移动。我是想观察分子从气相过渡（即移动 ...

你说的是这个意思呀，可能plumed可以做到

作者
Author: MD萌新 时间: 2024-5-9 20:38

七尺贱发表于 2024-5-9 19:48
你说的是这个意思呀，可能plumed可以做到

好的，谢谢，我看看plumed怎么用

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