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标题: 为什么Molclus调用Shermo和单独用Shermo计算的结果有偏差? [打印本页]

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Caroline2022    时间: 2024-5-9 11:41
标题: 为什么Molclus调用Shermo和单独用Shermo计算的结果有偏差?
之前用Molclus调用Shermo做构象搜索排序,后面需要详细计算其他的热力学量,因此又单独用Shermo算了一次,但是发现两次计算结果略有偏差,不知道是什么原因,请各位老师指导。

Molclus调用Shermo的设置如下(精简版,完整版请见附件):
   Shermo_path= "/sob/Shermo_2.3.5/Shermo"  // Command for invoking Shermo
  T= 298.15
  P= 1.0
  sclZPE= 0.9806
  ilowfreq= 2

计算完成后通过isostat排序,第二的构象能量最低,从isomers.xyz文件中读取到“ G =    -1317.609596 Gcorr = 0.184924 a.u. Nimag =   0 Frame:     2 Step:     2 Geom:     2”。

但是后面用单独用Shermo计算的结果和上面G以及Gcorr都有偏差。
从ORCA计算结果中读取到Final Single Point Energy=-1317.79451960089 a.u.,粘贴到Shermo的settings.ini文件中,为了保证一致性,使用了未更新的Shermo 2.3.5版本,设置如下(精简版,完整版请见附件):
E= -1317.79451960089  //Electronic energy in a.u. If E= 0, then it will be loaded from input file
T= 298.15  //in K. By specifying lower, upper limits and stepsize, e.g. 50,200,10, it can be scanned
P= 1.0  //in atm. By specifying lower, upper limits and stepsize, e.g. 0.5,20,0.1, it can be scanned
sclZPE= 0.9806  //Frequency scale factor for ZPE
ilowfreq= 2  //Treatment of low frequencies. 0: Harmonic (RRHO). 1: Raising low frequencies (Truhlar). 2: Entropy interpolation (Grimme). 3: Entropy and internal energy interpolations (Minenkov)
这些输入都保持了和Molclus调用Shermo的设置相同。

Shermo计算输出的结果如下(精简版,完整版请见附件):
                           ===========================
                           ========== Total ==========
                           ===========================
Total q(V=0):       2.645657E+046
Total q(bot):       7.735314E-063
Total q(V=0)/NA:    4.393216E+022
Total q(bot)/NA:    1.284479E-086
Total CV:     312.575 J/mol/K      74.707 cal/mol/K
Total CP:     320.890 J/mol/K      76.694 cal/mol/K
Total S:      602.645 J/mol/K     144.036 cal/mol/K    -TS:   -42.944 kcal/mol
Zero point energy (ZPE):    607.496 kJ/mol    145.195 kcal/mol   0.231383 a.u.
Thermal correction to U:    662.470 kJ/mol    158.334 kcal/mol   0.252322 a.u.
Thermal correction to H:    664.949 kJ/mol    158.927 kcal/mol   0.253266 a.u.
Thermal correction to G:    485.271 kJ/mol    115.982 kcal/mol   0.184830 a.u.
Electronic energy:      -1317.7945196 a.u.
Sum of electronic energy and ZPE, namely U/H/G at 0 K:      -1317.5631368 a.u.
Sum of electronic energy and thermal correction to U:       -1317.5421980 a.u.
Sum of electronic energy and thermal correction to H:       -1317.5412539 a.u.
Sum of electronic energy and thermal correction to G:       -1317.6096898 a.u.

可见 Thermal correction to G: 0.184830 a.u.与前面的Gcorr = 0.184924 a.u. 有偏差, Sum of electronic energy and thermal correction to G:       -1317.6096898 a.u.与前面的G =    -1317.609596也有偏差。
请问各位老师,这种偏差是如何造成的?






作者
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sobereva    时间: 2024-5-10 21:35
把molclus运行过程输出的全部信息放到文本文件里贴出来

别用那么老的Shermo版本
作者
Author:
Caroline2022    时间: 2024-5-11 11:05
老师,我用了最新的2.6版本还是一样结果




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