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标题: 流程问题求助，建立膜盒子体系后，使用freezegrps限制单组原子，运行md报错 [打印本页]

作者
Author: ups223 时间: 2024-5-9 11:58
标题: 流程问题求助，建立膜盒子体系后，使用freezegrps限制单组原子，运行md报错
目前在做一个膜盒子体系。膜已经建立起来了，盒子内跑完热循环生成随机分布的分子链的PA层，然后把盒子沿着Z轴扩大，
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尝试往里面添加了单个水分子并修改了top，mdp文件，分了组System为所有原子，Other为PA层原子，用freeze指令限制PA层组原子的XYZ原子坐标，跑grompp没有报错，跑md报错了。
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不知道是不是固定的PA层出问题了，扩增盒子之后导致原先因为pbc处于边界的分子链键断了。求解答。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-10 23:41
freeze甭和控压一起用，改用位置限制或者不控压。论坛里我之前说过无数次
当前体系也根本不适合isotropic方式的控压
绝对不要用constraints=all-bonds

作者
Author: ups223 时间: 2024-5-11 19:04

sobereva 发表于 2024-5-10 23:41
freeze甭和控压一起用，改用位置限制或者不控压。论坛里我之前说过无数次
当前体系也根本不适合isotropic ...

谢谢老师解答，把控压关了就可以了，constraints=all-bonds我没改也能跑，想知道这个对后面做过滤盐离子影响大吗？一些基础的问题我还在学习。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-12 02:40

ups223 发表于 2024-5-11 19:04
谢谢老师解答，把控压关了就可以了，constraints=all-bonds我没改也能跑，想知道这个对后面做过滤盐离子 ...

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt：

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