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标题: 如何使用Sobtop生成氮化硼的itp文件，使其维持氮化硼的平面刚性不变形？ [打印本页]

作者
Author: 飞翔的胖吉 时间: 2024-5-9 19:02
标题: 如何使用Sobtop生成氮化硼的itp文件，使其维持氮化硼的平面刚性不变形？
本帖最后由飞翔的胖吉于 2024-5-9 19:09 编辑

我之所以想限定BN的平面刚性，是想研究多个BN片层在溶液中相互作用的情况，不能对其进行某一方向的限定，而是保持平面刚性的同时，又可以在水溶液中自由移动

各位好，我使用Sobtop简单构建了羟基氮化硼的itp文件（附件），具体的生成方法为，Multiwfn计算了RESP电荷，在sobtop中依次选择
7 assign atomic charges
10
BN.chg
0 return
1
2
4
enter
enter

计算得到的二面角参数能量值为4.22584 我尝试将这个数字增加 0.3 1 20 等几种情况，运行NVT模拟2ns，BN的结构不能维持平面，会变形，请问我的操作步骤是否正确？正确的方法该是什么？
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作者
Author: nianbin 时间: 2024-5-10 09:16
做限制或者直接freeze，不然不可能保持刚性的

作者
Author: 飞翔的胖吉 时间: 2024-5-10 13:04

nianbin 发表于 2024-5-10 09:16
做限制或者直接freeze，不然不可能保持刚性的

你好，谢谢你的回答，我的模拟过程，要求BN片能自由移动的同时，保持平面刚性。如果限制或者freeze，就无法满足要求了，并且现实中，BN这种二维材料本身也是平面结构，不应该是波动形态。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-10 23:57
先把普通的BN板弄成功了再说带修饰的
并且诸如B-N-B-N这种二面角项，全都改成sobtop自动猜的谐振势

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