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标题: pdb2gmx添加力场步骤报错，如何进行蛋白质修复？ [打印本页]

作者
Author: 相如以沫 时间: 2024-5-9 19:39
标题: pdb2gmx添加力场步骤报错，如何进行蛋白质修复？
本帖最后由相如以沫于 2024-5-10 13:10 编辑

大佬好，我用gromacs跑动力学，力场选用为charmm36-feb2021.ff在进行pdb2gmx过程报错中，弹出如下提示：Incomplete ring in HIS3。经查询后，发现可能是蛋白质结构不完整，尝试采用chimera1.13.1版进行修复，但未发现缺失残基的红框。修复失败。我看之前一个求助贴，那个人遇到的问题和我一样，他用了spbdv修复成功了，可是我找不到spbdv修复的教程。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-10 23:48
拿具体文件说事

如果缺重原子，很多程序都能补，WHAT IF、pdbfixer、PDB2PQR在线服务器等

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