计算化学公社

标题: VMD中载入结构文件自动判断成键时出现成键错误 [打印本页]

作者
Author: LHQ 时间: 2024-5-9 20:51
标题: VMD中载入结构文件自动判断成键时出现成键错误
老师，您好我是做蛋白质和配体结构体系的分子动力学模拟的，我跑完500ns并作周期性边界条件处理后，当我载入结构文件pdb和轨迹文件xtc在VMD后发现有少数的氨基酸残基之间本不该成键（图1），却显示为（成键），我也试着用脚本重新判断连接关系，让VMD实时判断连接关系，发现轨迹中可能是因为错误成键原子距离的增大（本人猜测），在轨迹中并未出现成键的情况，我想问问老师：1.结构文件会不会是因为两个氨基酸原子之间的距离太近而自动判断为成键？2.此错误成键问题会对我的数据有影响吗？3.如果有影响，有什么办法可以解决吗？谢谢老师。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-10 23:49
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html）

作者
Author: LHQ 时间: 2024-5-11 01:19

sobereva 发表于 2024-5-10 23:49
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com/thread- ...

谢谢老师回答！我看过这篇文章的内容以及相关链接的内容，但是文章里好像基本上关于成键显示的问题和解决方式，没有提及到是否会影响后续的数据处理？所以我尝试过用Dynamic Bonds和老师您发的链接里重新让VMD定义并实时显示新的连接关系，结果是我的载入结构（0帧）存在我上述的问题，所以我想进一步问问老师出现这样的现象是否会对数据产生影响？谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-12 02:36

LHQ 发表于 2024-5-11 01:19
谢谢老师回答！我看过这篇文章的内容以及相关链接的内容，但是文章里好像基本上关于成键显示的问题和解 ...

说明当前满足成键的几何判据
影响什么看之后要做什么

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