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标题: NPT过程中钠离子聚集成簇的问题 [打印本页]

作者
Author: zhangfaxue 时间: 2024-5-9 20:53
标题: NPT过程中钠离子聚集成簇的问题
体系：油A水B(SPC)、表面活性剂C、NACL
NACL浓度1-5mol/l
力场：gromos54a7_atb.ff（我生成分子的itp文件时是在ATB生成的所以在top里include对应的力场文件）
离子的itp文件如下：
钠离子
[ moleculetype ]
; molname nrexcl
NA 1

[ atoms ]
; id at type res nr residu name at name  cg nr charge mass
1 NA+ 1 NA Na    1 1    22.9898
氯离子：
[ moleculetype ]
; molname nrexcl
CL 1

[ atoms ]
; id at type res nr residu name at name  cg nr charge mass
1 CL- 1 CL Cl    1 -1    35.45300

1mol/l时没问题（或者是问题不明显我没看出来),2\3\4\5\mol/l跑40几ns过后就出现离子聚集成团状，如下所示：
(, 下载次数 Times of downloads: 19)

另外，我在文献里看到别人选择了和我相似的力场，NACL浓度也远高于我但是并未出现团聚现象：
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.energyfuels.6b01995
(, 下载次数 Times of downloads: 16)

1、这是结晶了吗？但是我的NACL浓度很低，在我的工况下按理不会结晶的？
2、我的离子力场文件有问题吗？如果有应该如何选择合理力场文件？

作者
Author: 牧生 时间: 2024-5-9 21:02
试试KBFF的离子参数，不会团聚的

作者
Author: zhangfaxue 时间: 2024-5-9 21:21

牧生发表于 2024-5-9 21:02
试试KBFF的离子参数，不会团聚的

我的表面活性剂分子使用的是gromos53a6力场，离子用KBFF的是不是不能同时使用?

作者
Author: 牧生 时间: 2024-5-9 21:39

zhangfaxue 发表于 2024-5-9 21:21
我的表面活性剂分子使用的是gromos53a6力场，离子用KBFF的是不是不能同时使用?

全部换用gaff力场，美滋滋

作者
Author: zhangfaxue 时间: 2024-5-9 21:44

牧生发表于 2024-5-9 21:39
全部换用gaff力场，美滋滋

我不确定我的表面活性剂分子是否能够用gaff力场，文献里目前都是用gromos力场，我不敢冒然换力场

作者
Author: 牧生 时间: 2024-5-9 22:05

zhangfaxue 发表于 2024-5-9 21:44
我不确定我的表面活性剂分子是否能够用gaff力场，文献里目前都是用gromos力场，我不敢冒然换力场

相较于gromos，用gaff只有好处，没有坏处。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-10 23:50

zhangfaxue 发表于 2024-5-9 21:44
我不确定我的表面活性剂分子是否能够用gaff力场，文献里目前都是用gromos力场，我不敢冒然换力场

GROMOS、OPLS-AA能描述的分子，GAFF一律都能描述。没有不用GAFF的理由。更何况后来还有GAFF2进一步做了改良

作者
Author: zhangfaxue 时间: 2024-5-12 19:49

sobereva 发表于 2024-5-10 23:50
GROMOS、OPLS-AA能描述的分子，GAFF一律都能描述。没有不用GAFF的理由。更何况后来还有GAFF2进一步做了改 ...

谢谢老师，我去尝试一下

作者
Author: Hanna110 时间: 2025-10-15 14:57

zhangfaxue 发表于 2024-5-12 19:49
谢谢老师，我去尝试一下

你解决了吗？我也出现了Na盐团聚的问题

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