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标题: linux下超详细安装phonopy教程 [打印本页]

作者
Author: obaica 时间: 2016-11-26 15:08
标题: linux下超详细安装phonopy教程

参考资料：

（1） http://blog.csdn.net/txcokokok/article/details/42178889

（2） http://blog.sina.com.cn/s/blog_86e874d30102vvdd.html

（3） http://muchong.com/html/201208/4874998.html

phonopy安装：

第一步：准备文件

1、python-3.6 (https://www.python.org/downloads/source/)

2、numpy-1.11.2 (http://www.scipy.org/scipylib/download.html)

3、lxml-3.6.4 (http://lxml.de/)

4、matplotlib-1.5.0 (https://sourceforge.net/projects/matplotlib/files/)

5、PyYAML-3.12 (http://pyyaml.org/)

6、phonopy-1.11.0 (https://sourceforge.net/projects/phonopy/)

第二步：安装Python-3.6.0b3.tar.xz

Ø tar xvf Python-3.6.0b3.tar.xz

Ø cd Python-3.6

Ø ./configure --prefix= /home/…/phonopy/Python-3.6/build

（在python解压目录事先新建build目录，省略部分根据每个人电脑而定）

Ø make

Ø make install

设置环境变量

Ø vi ~/.bashrc

在.bashrc文件末尾加入：

Ø export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/…/phonopy/Python-3.6/build/lib

export PATH=$PATH:/home/…/phonopy/Python-3.6/build/bin

export PATH=/home/…/phonopy/Python-3.6:$PATH

Ø source ~/.bashrc

测试

Ø 命令行输入python3.6，若成功会出现（避免和系统自带/usr/bin混淆）

Python 3.6.0b3 (default, Nov 6 2016,02:12:05)

[GCC 4.9.3] on linux

Type "help", "copyright", "credits" or"license" for more information.

>>>

第三步：安装numpy-1.11.2.tar.gz

Ø tar xzvf numpy-1.11.2.tar.gz

Ø cd numpy-1.11.2

Ø cp site.cfg.example site.cfg

Ø vi site.cfg：

Ø 修改文件中如下所示部分：

# [mkl]

# library_dirs = /opt/intel/mkl/10.0.1.014/lib/32/

# lapack_libs = mkl_lapack

# mkl_libs = mkl, guide

注意：mkl前面的注释一定要去掉，此外，左端不能留空格。

Ø 修改后的如下（根据实际情况修改）：

[mkl]

library_dirs = /opt/intel/composer_xe_2013_sp1.2.144/mkl/lib/intel64

include_dirs = /opt/intel/composer_xe_2013_sp1.2.144/mkl/include

lapack_libs = mkl_lapack95_lp64

mkl_libs = mkl_def,mkl_intel_lp64,mkl_intel_thread,mkl_core,guide,iomp5

（最后一行逗号为英文输入法下面的）

Ø python3.6 setup.py build --help-fcompiler 查看下可用的编译器，结果发现--fcompiler=intelem可用

Ø python3.6 setup.py build --fcompiler=intelem

Ø python3.6 setup.py install --home=Python3.6解压目录/pymodule

（pymodule是自己在python解压目录下新建的numpy安装目录）

Ø vi ~/.bashrc添加下面内容：

PYTHONPATH="${PYTHONPATH}:/home/…/phonopy/Python3.6/pymodule/lib

/python"

export PYTHONPATH

export PATH=/home/…/phonopy/Python-3.6/pymodule/bin:$PATH

export PYTHONPATH=/home/…/phonopy/Python-3.6/pymodule/lib/python

Ø source ~/.bashrc

让python知道到哪里去找模块

Ø 测试python是否能够调用numpy：

Ø cd .. (退出 numpy的目录）

这一步一定要做，不然会出错， ImportError: Error importing numpy.

Ø 输入：python3.6 进入python界面

Ø import numpy

执行 numpy 看是否出错

第四步：安装lxml-3.6.4.tgz

Ø tar xzvf lxml-3.6.4.tgz

Ø cd lxml-3.6.4

Ø vi ~/.bashrc添加下面内容：

PYTHONPATH="${PYTHONPATH}:/home/…/phonopy/Python3.6/lxml/lib

/python"

（lxml是自己在python解压目录下新建的lxml安装目录）

Ø source ~/.bashrc

Ø python3.6 setup.py install --home=Python3.6解压目录/lxml

第五步：安装matplotlib-1.5.0.tar.gz

Ø tar xzvf matplotlib-1.5.0.tar.gz

Ø cd matplotlib-1.5.0

Ø vi ~/.bashrc添加下面内容：

PYTHONPATH="${PYTHONPATH}:/home/…/phonopy/Python3.6/matplotlib /lib/python"

（matplotlib是自己在python解压目录下新建的matplotlib安装目录）

Ø source ~/.bashrc

Ø python3.6 setup.py install --home=Python3.6解压目录/ matplotlib

第六步：安装PyYAML-3.12.tar.gz

Ø tar xzvf PyYAML-3.12.tar.gz

Ø cd PyYAML-3.12

Ø vi ~/.bashrc添加下面内容：

PYTHONPATH="${PYTHONPATH}:/home/…/phonopy/Python3.6/pyyaml/lib

/python"

（pyyaml是自己在python解压目录下新建的pyyaml安装目录）

Ø source ~/.bashrc

Ø python3.6 setup.py test

Ø python3.6 setup.py install --home=Python3.6解压目录/pyyaml

第七步：安装phonopy-1.11.0.tar.gz

Ø tar xzvf phonopy-1.11.0.tar.gz

Ø cd phonopy-1.11.0

Ø python3.6 setup.py install

Ø 把/home/…/phonopy/phonopy-1.11.0/build/scripts-3.6的phonopy拷贝到usr/bin

测试

Ø 在phonopy目录下命令行输入phonopy：

结果显示：

_ __ | |__ ___ ___ ___ _ __ _ _

| '_ \| '_ \ / _ \| '_ \ / _ \ | '_\| | | |

| |_) | | | | (_) | | | | (_) || |_)| |_| |

| .__/|_| |_|\___/|_| |_|\___(_).__/ \__, |

|_| |_| |___/

1.11.0

Crystal structure file of POSCAR (default file name) could not be found.

___ _ __ _ __ ___ _ __

/ _ \ '__| '__/ _ \| '__|

| __/ | | | | (_) | |

\___|_| |_| \___/|_|

作者
Author: get-it 时间: 2016-11-26 22:16
最简单的方法大概是安装anaconda

作者
Author: wxf123456 时间: 2020-12-25 22:05
擅于使用yum install 命令，会解决好多安装过程中出现的errors

作者
Author: CohenTang 时间: 2021-5-28 14:55
您好，在这一步我的老是出错，是什么原因呢？
python3.6 setup.py install --home=Python3.6解压目录/pymodule
其他都按照要求达到了

作者
Author: CohenTang 时间: 2021-5-28 15:03

CohenTang 发表于 2021-5-28 14:55
您好，在这一步我的老是出错，是什么原因呢？
python3.6 setup.py install --home=Python3.6解压目录/pymo ...

出现了这个错误：TEST FAILED: Python-3.6.13/pymodule/lib64/python does NOT support .pth files
error: bad install directory or PYTHONPATH

作者
Author: CohenTang 时间: 2021-5-28 17:03

CohenTang 发表于 2021-5-28 15:03
出现了这个错误：TEST FAILED: Python-3.6.13/pymodule/lib64/python does NOT support .pth files
erro ...

感谢感谢，问题已介已解决，用pip直接装了，超简单，这个方法还是太复杂和原始了，还很容易出错~

作者
Author: 好好科研 时间: 2021-8-16 16:48

CohenTang 发表于 2021-5-28 17:03
感谢感谢，问题已介已解决，用pip直接装了，超简单，这个方法还是太复杂和原始了，还很容易出错~

您好请问如何快速装phonopy 这个论坛的方法我试了两天也没成功头秃了

作者
Author: 灰飞的旋律 时间: 2021-8-16 17:09

好好科研发表于 2021-8-16 16:48
您好请问如何快速装phonopy 这个论坛的方法我试了两天也没成功头秃了

vasp计算声子谱 | Physics https://yh-phys.github.io/2019/10/11/vasp-phonon/用anaconda方便省事

作者
Author: 好好科研 时间: 2021-8-19 18:40

灰飞的旋律发表于 2021-8-16 17:09
vasp计算声子谱 | Physics https://yh-phys.github.io/2019/10/11/vasp-phonon/用anaconda方便省事

谢谢您我试试

作者
Author: CalebParadoX 时间: 2024-9-29 11:09
python: can't open file '/home/guojl/phon/phonopy-2.28.0/phonopy/setup.py': [Errno 2] No such file or directory
你好，我用的是2.28版本，安装显示错误

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