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标题: 关于WALL原子的设定问题 [打印本页]

作者
Author: ysrhhhh 时间: 2024-5-10 11:31
标题: 关于WALL原子的设定问题
目前想研究两种物质对水结冰的影响，所以就建立了如下的模型（下面是冰晶，上面是自由水和研究的物质），并且设置了WALL原子防止周期性边界条件使得冰晶从盒子上方生长，但是计算之后发现，下层的并经出现了融解的情况，不知道是否是墙原子的设置问题？
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这里是我的md.mdp:
integrator = md
nsteps = 25000000 ;50 ns
dt = 0.002

comm_mode = Linear
comm_grps = System

nstenergy = 1000
nstlog = 1000
nstxout_compressed = 1000

continuation = yes
constraint_algorithm = lincs
constraints = h-bonds
lincs_iter = 1
lincs_order = 4

rlist = 1.2
rcoulomb = 1.2
rvdw = 1.2

cutoff_scheme = Verlet
coulombtype = PME
pme_order = 4

tcoupl = V-rescale
tc_grps = system
tau_t = 0.1
ref_t = 269

pcoupl = Parrinello-Rahman
pcoupltype = semi-isotropic
tau_p = 0.5
ref_p = 1.01325 1.01325 ; 1bar
compressibility = 4.5e-5 4.5e-5

pbc = xy
periodic_molecules = yes
DispCorr = EnerPres
gen_vel = no

nwall = 2
wall-atomtype = WALL WALL
wall-type = 12-6
ewald-geometry = 3dc
wall-r-linpot = -1

然后又尝试了另外一种建模形式，想通过冰晶上下分为两个部分，上面为研究物质的影响，下方为纯水的影响，但是发现纯水侧的变化很小，而上方的变化较大，而且上面的物质会进入下方纯水中，不知道是或否也需要设置WALL来隔断，或者设置真空层？
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