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标题: Gaussian opt关键词有问题：opt=loose和opt=gdiis怎么一起写 [打印本页]

作者
Author: CHENZIHAO 时间: 2024-5-11 15:48
标题: Gaussian opt关键词有问题：opt=loose和opt=gdiis怎么一起写
(, 下载次数 Times of downloads: 11)
本人小白一枚..最近正在尝试计算数据，有很多关键词的书写有问题。望大家指正。
这个关键词在提交linux计算时会报错，log文件里只会输出如下结果，并且没有chk文件。
(, 下载次数 Times of downloads: 11)

算的是环状的大柔体分子，因此尝试了opt=gdiis，优化良好。
Max &RMS force和RMS displacement已经收敛了但是Max displacement一直在收敛值的几倍来回震荡，观察结构，发现只是环状结构来回一点点的旋转，整体结构没有明显变化，因此尝试opt=loose结束结构优化。

因为我不确定opt=(gdiis,loose)这样是否正确，或者是其他的问题导致计算有问题，希望大家帮忙。

作者
Author: Freeman 时间: 2024-5-11 16:05
本帖最后由 Freeman 于 2024-5-11 16:16 编辑

你可以挑一个优化后期有3个YES并且maximum force最低的点，直接算频率。如果算频率后有3或4个YES，就可以直接用；否则就用rcfc读取频率计算的hessian，继续优化。

作者
Author: CHENZIHAO 时间: 2024-5-11 16:08
后续:报错原因好像是我把gaussian的文件删错了...好像我这样写是能运行的

把软件弄好之后就正常运算了，非常感谢。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2024-5-11 16:21
本帖最后由 zjxitcc 于 2024-5-11 16:23 编辑

CHENZIHAO 发表于 2024-5-11 16:08
后续:报错原因好像是我把gaussian的文件删错了...好像我这样写是能运行的

把软件弄好之后就正常运算了， ...

你的文件只是看上去“正常计算”。PCM不需要写，这是默认的；不知道为啥写read，应该给出理由；loose只能用于粗优化/预优化，不建议用于正式发表，过于粗糙，当前结构优化收敛后应该继续优化至正常收敛限；chk文件默认就放在当前目录下，不用写./这两个字符。

作者
Author: CHENZIHAO 时间: 2024-5-11 17:21

zjxitcc 发表于 2024-5-11 16:21
你的文件只是看上去“正常计算”。PCM不需要写，这是默认的；不知道为啥写read，应该给出理由；loose只能用 ...

谢谢你的建议；
1）关于PCM。因为我之后需要用SMD模型，所以特意把这个写出来了。写出来PCM是为了提醒自己这个没用SMD模型。
2）read=guess。..这是因为我本来有个old.chk文件希望他读取并继续运算的。这是没写哪个是需要读取的文件确实是错误。
3）loose的问题。感谢你的意见，我会继续优化的。
4）./这个写法只是我的个人习惯...（主要是我还不熟练需要把各种默认都写出来来提醒自己）

作者
Author: zjxitcc 时间: 2024-5-11 17:22

CHENZIHAO 发表于 2024-5-11 17:21
谢谢你的建议；
1）关于PCM。因为我之后需要用SMD模型，所以特意把这个写出来了。写出来PCM是为了提醒自 ...

有一点我没说仔细，srcf()中的read你要用来做啥

作者
Author: CHENZIHAO 时间: 2024-5-11 17:24

Freeman 发表于 2024-5-11 16:05
你可以挑一个优化后期有3个YES并且maximum force最低的点，直接算频率。如果算频率后有3或4个YES，就可以直 ...

非常感谢你！
我还有几个问题：
1)这3个yes或者4个yes具体是指哪几个指标呢？如果算频率算出来虚频是不是意味着结构尚未优化正确呢？
2）这个rcfc读取hessian..老师能稍微讲的详细点吗或者你丢我个网址我去学习操作。

作者
Author: CHENZIHAO 时间: 2024-5-11 17:27
本帖最后由 CHENZIHAO 于 2024-5-11 17:30 编辑

zjxitcc 发表于 2024-5-11 17:22
有一点我没说仔细，srcf()中的read你要用来做啥

这里是采用了THF作为溶剂代替我需要的考虑的溶剂（因为有文献是这样写的）..然后我能查到我所需要的那个溶剂的静态介电常数eps..就写了个eps=7.23 放在最后

（但我看sob老师的帖子，其实觉得上面这个这些操作没必要，貌似PCM模型不会使用eps以外的参数，所以我这样写是为了提醒自己..）

作者
Author: zjxitcc 时间: 2024-5-11 17:36

CHENZIHAO 发表于 2024-5-11 17:27
这里是采用了THF作为溶剂代替我需要的考虑的溶剂（因为有文献是这样写的）..然后我能查到我所需要的那个 ...

不要乱提醒自己。THF有内置，不需要自己写多余的关键词。有时候你看上去是提醒，不小心改变了程序默认设置，就不好了。

作者
Author: Freeman 时间: 2024-5-11 18:17

CHENZIHAO 发表于 2024-5-11 17:24
非常感谢你！
我还有几个问题：
1)这3个yes或者4个yes具体是指哪几个指标呢？如果算频率算出来虚频是不 ...

几何优化时，一般用的是近似的hessian。算频率时，才是精确的hessian。这个hessian会决定max displacement和rms displacement这两个指标。所以几何优化收敛，即使有4个yes，也得算频率，看看在精确hessian下是不是也有4个yes。有时，虽然几何优化一直没有4个yes，但是是近似的hessian导致的。这时可以挑最接近收敛的那一帧，算个频率，看看在精确hessian下的收敛指标如何。4个yes就是全达标了。3个yes1个no，no的那个一般就是max displacement，只要离收敛限不太远，就当成yes即可。只要在精确hessian下有3或4个yes，应该就不会有不想要的虚频了。

rcfc就是让几何优化的第一步去读取之前算好的hessian。我不是让你先算一个频率嘛？那么这个频率任务就命名为A好了。如果频率任务说没有3个yes，那就继续优化。优化任务命名为B，那么B的输入文件就是
%nproc=xxx
%mem=xxx
%oldchk=A.chk
%chk=B.chk
# opt(rcfc) freq xxxxxxx guess=read geom=allcheck

作者
Author: CHENZIHAO 时间: 2024-5-11 19:11

Freeman 发表于 2024-5-11 18:17
几何优化时，一般用的是近似的hessian。算频率时，才是精确的hessian。这个hessian会决定max displacemen ...

非常感谢你！

作者
Author: 虎王 时间: 2024-10-8 18:48

zjxitcc 发表于 2024-5-11 16:21
你的文件只是看上去“正常计算”。PCM不需要写，这是默认的；不知道为啥写read，应该给出理由；loose只能用 ...

如果opt=loose之后顺利收敛，把log保存为gjf，计算频率，显示没有虚频。那么此结构是否可以发表？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2024-10-8 18:57

虎王发表于 2024-10-8 18:48
如果opt=loose之后顺利收敛，把log保存为gjf，计算频率，显示没有虚频。那么此结构是否可以发表？

要根据结构优化的4个收敛指标情况判断，如果前两个受力的指标是NO，则不行。

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