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标题: 周期性体系优化后抠出团簇能否直接计算单点能，用于拓扑分析 [打印本页]

作者
Author: wang_ 时间: 2024-5-12 15:21
标题: 周期性体系优化后抠出团簇能否直接计算单点能，用于拓扑分析
各位老师好，我在CRYSTAL中对周期性体系进行优化，然后抠出团簇准备用于做拓扑分析，前面以及做了IGM，想将IGM和拓扑分析显示在同一张图下，在CRYSTAL里面计算团簇的单点能，但是由于缺少对称性，计算时间非常久，想请问一下，能将这个团簇直接在Gaussian中进行单点能计算吗，如果可以的话，基组和泛函应该怎么选取呢（周期性计算选用的基组是POB-TZVP，泛函采用PBE-D3）
另外，其实还有另一种方法，CRYSTAL可以输出单胞的电子密度cube文件，Multiwfn支持cube文件做拓扑分析，但是我单胞里面分子不完整，现在结果还没跑出来，不知道这样做拓扑分析可不可行

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-12 17:31
最理想的做法是直接用CP2K基于你当前的结构（如果晶胞不够大需扩胞，使得只考虑gamma点就能合理描述体系）算个单点得到molden文件，加入晶胞信息后给Multiwfn当周期性体系做拓扑分析。不仅CP2K计算耗时极低（绝对远低于你抠团簇后用Gaussian计算），而且也不牵扯怎么恰当抠团簇的麻烦事。而且此时Multiwfn是基于波函数信息直接解析计算拓扑分析需要的各种信息，远比基于电子密度cube文件插值的函数做拓扑分析理想（而且这种情况下还只能得到密度相关的属性，而诸如动能密度、能量密度、ELF等全都得不到）

参考
使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件
http://sobereva.com/587（http://bbs.keinsci.com/thread-21668-1-1.html）
详谈使用CP2K产生给Multiwfn用的molden格式的波函数文件
http://sobereva.com/651（http://bbs.keinsci.com/thread-31827-1-1.html）

作者
Author: wang_ 时间: 2024-5-12 17:55

sobereva 发表于 2024-5-12 17:31
最理想的做法是直接用CP2K基于你当前的结构（如果晶胞不够大需扩胞，使得只考虑gamma点就能合理描述体系） ...

sobereva老师，我确实感觉使用其他软件没有CP2K来得方便快捷，但是因为后面想做准谐波近似这块，而CRYSTAL刚好支持，所以我想了解一下对于同一个体系，如果几何优化结果在CP2K上做弱相互作用分析，如何在CRYSTAL上做准谐波，这样会不会有什么问题

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-12 23:45

wang_ 发表于 2024-5-12 17:55
sobereva老师，我确实感觉使用其他软件没有CP2K来得方便快捷，但是因为后面想做准谐波近似这块，而CRYSTA ...

毫无问题

作者
Author: wang_ 时间: 2024-5-13 10:09

sobereva 发表于 2024-5-12 23:45
毫无问题

那我清楚了，因为之前一直有点担心两个软件有一些参数配置似乎不太一样，有点担心，所以没有使用，感谢sobereva老师的解答

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