计算化学公社

标题: 求助，如何观看vasp结构优化的力的变化趋势 [打印本页]

作者
Author: XIEH 时间: 2024-5-12 20:09
标题: 求助，如何观看vasp结构优化的力的变化趋势
高斯的结构优化可以中途下载log文件用GaussView的optimization功能，看能量和力的变化趋势。
vasp的OSZICAR可以看到每一个离子步的E0，那么力是看哪个呢？

作者
Author: 乐平 时间: 2024-5-12 22:32
本帖最后由乐平于 2024-6-28 17:56 编辑

可以我写的 python 脚本

基本用法，输入

python check_VASP_convergency.py -h 或者 --help

复制代码

可以查看用法

usage: check_VASP_convergency.py [-h] [-p <POSCAR>] [-s <OSZICAR>] [-o <OUTCAR>]

复制代码

如果当前目录下有 POSCAR, OSZICAR, OUTCAR 文件，就不需要输入任何参数，直接

python check_VASP_convergency.py

复制代码

就可以运行，并绘制好能量随离子步的变化趋势，最大受力随离子步的变化趋势
(, 下载次数 Times of downloads: 47)

整体的思路来自知乎帖子 VASP结构优化计算中查看能量和力收敛情况 - 知乎 (zhihu.com)，这个帖子是 bash 脚本，绘图的结果看着不美观。

python 绘图更灵活，且能局部放大。

另外，我的脚本还能检查当前目录是否含有 POSCAR, OSZICAR, OUTCAR 文件，如果没有任意上述文件，会提示你缺少哪些文件，并退出运行。

如果当前目录里 POSCAR, OSZICAR, OUTCAR 文件名改了，或者上述文件移动到另外的目录下了，还可以通过 -p, -s, -o 参数开指定文件名

python check_VASP_convergency.py -p test1_POSCAR -s ../mytest/OSZICAR -o ../final_OUTCAR

复制代码

这样更灵活，更方便。

-----------------------------

原 python 脚本 axis 轴弄错了，应该是 -1。现已更新。

np.amax(np.linalg.norm(data, axis=-1), axis=-1)

复制代码

可以重新下载，替换原脚本。

给大家带来的不便，请谅解。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2024-5-13 05:50
可以使用python库ase。ase gui XDATCAR，会显示结构轨迹和能量变化曲线(i,e-E[-1]，此处i为步数，e为能量，E[-1]表示最后一步能量)，如果要看力把这个在Graph的对话框改成(i,fmax)即可。

作者
Author: XIEH 时间: 2024-5-13 16:34

乐平发表于 2024-5-12 22:32
可以我写的 python 脚本

基本用法，输入

感谢回复

作者
Author: XIEH 时间: 2024-5-13 17:06

卡开发发发表于 2024-5-13 05:50
可以使用python库ase。ase gui XDATCAR，会显示结构轨迹和能量变化曲线(i,e-E[-1]，此处i为步数，e为能量， ...

感谢回复

作者
Author: Weldingspock 时间: 2024-5-13 17:24
我也推荐一个，虽然不能画图，直接显示在屏幕上也能清楚看到
https://github.com/Ionizing/usefultools-for-vasp

作者
Author: XIEH 时间: 2024-5-14 12:39

Weldingspock 发表于 2024-5-13 17:24
我也推荐一个，虽然不能画图，直接显示在屏幕上也能清楚看到
https://github.com/Ionizing/usefultools-fo ...

谢谢

作者
Author: Minshen 时间: 2024-6-24 11:03
(, 下载次数 Times of downloads: 36) 您好，请教一下，我用您的脚本，运行出来，力的图上只有一个点，改变横轴纵轴范围也是这样,是咋回事呢

作者
Author: 乐平 时间: 2024-6-28 17:58

Minshen 发表于 2024-6-24 11:03
您好，请教一下，我用您的脚本，运行出来，力的图上只有一个点，改变横轴纵轴范围也是这样,是咋回事呢

之前的有错误，我更新了一下脚本。

作者
Author: KangBao 时间: 2024-7-27 19:24
我的方法是直接在终端输入"grep FORCES: OUTCAR"获取力的变化，如果有做图需要可以获取力的列进行做图。脚本更直观，但这样也可以很方便的浏览趋势

作者
Author: XIEH 时间: 2024-7-28 09:47

KangBao 发表于 2024-7-27 19:24
我的方法是直接在终端输入"grep FORCES: OUTCAR"获取力的变化，如果有做图需要可以获取力的列进行做图。脚 ...

感谢回复，已解决

作者
Author: lxt999 时间: 2024-8-31 15:30
你好我想请问一下我在算AIMD分子动力学查看势能也可以用这个脚本吗

作者
Author: Yun_ZL 时间: 2024-9-10 09:29
我发现编译VTSTcode之后，可以使用快捷命令grep FORCES：OUTCAR进行查看力的变化，没有编译vtstcode的情况下vasp的outcar并没有输出力的信息

作者
Author: XIEH 时间: 2024-9-25 09:53

Yun_ZL 发表于 2024-9-10 09:29
我发现编译VTSTcode之后，可以使用快捷命令grep FORCES：OUTCAR进行查看力的变化，没有编译vtstcode的情况 ...

谢谢你的分享，但是我的估计没有编译VTSTcode，输入命令没有反应

作者
Author: 阿宁 时间: 2024-10-26 17:15

乐平发表于 2024-5-12 22:32
可以我写的 python 脚本

基本用法，输入

您好，感谢分享。我在使用你的脚本时出现如下报错，百度找不到解决方法，想请教一下。
[qxn@Master ~/001/yzcu4]$ python check_VASP_convergency.py
`np.asfarray` was removed in the NumPy 2.0 release. Use `np.asarray` with a proper dtype instead.
Traceback (most recent call last):
  File "/home/qxn/001/yzcu4/check_VASP_convergency.py", line 216, in <module>
main()
  File "/home/qxn/001/yzcu4/check_VASP_convergency.py", line 209, in main
F = grab_Force(poscar, outcar)
  File "/home/qxn/001/yzcu4/check_VASP_convergency.py", line 106, in grab_Force
data = np.asfarray(data).reshape((count,atomNum,3))
  File "/home/qxn/.local/lib/python3.9/site-packages/numpy/__init__.py", line 397, in __getattr__
raise AttributeError(
AttributeError: `np.asfarray` was removed in the NumPy 2.0 release. Use `np.asarray` with a proper dtype instead.

作者
Author: 乐平 时间: 2024-10-26 22:23

阿宁发表于 2024-10-26 17:15
您好，感谢分享。我在使用你的脚本时出现如下报错，百度找不到解决方法，想请教一下。
[qxn@Master ~/00 ...

报错里写得很清楚啊

你的 numpy 版本太高了（2.0版），里面没有 np.asfarray 这个函数了，需要把它换成 np.asarray

作者
Author: Alston453 时间: 2024-11-7 15:50

乐平发表于 2024-6-28 17:58
之前的有错误，我更新了一下脚本。

File "check_VASP_convergency.py", line 203
raise FileNotFoundError(f"The file {file_path.name} does not exist.")
请问输入您说的运行命令后出现这个问题怎么解决呀大佬

作者
Author: 乐平 时间: 2024-11-7 16:30

Alston453 发表于 2024-11-7 15:50
File "check_VASP_convergency.py", line 203
raise FileNotFoundError(f"The file {file_path.nam ...

你的 POSCAR, OUTCAR, OSZICAR 是不是改名了？

如果改名了，需要按我帖子最后写的，输入参数和新的文件名

http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 65&fromuid=1532

python check_VASP_convergency.py -p 你的新POSCAR -o 你的新OUTCAR -s 你的新OSZICAR

复制代码

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)