计算化学公社

标题: 求助，如何观看vasp结构优化的力的变化趋势 [打印本页]
作者
Author: XIEH    时间: 2024-5-12 20:09
标题: 求助，如何观看vasp结构优化的力的变化趋势
高斯的结构优化可以中途下载log文件用GaussView的optimization功能，看能量和力的变化趋势。
vasp的OSZICAR可以看到每一个离子步的E0，那么力是看哪个呢？

作者
Author: 乐平    时间: 2024-5-12 22:32
本帖最后由 乐平 于 2024-6-28 17:56 编辑

可以我写的 python 脚本

基本用法，输入
  1. python check_VASP_convergency.py -h     或者  --help
复制代码


可以查看用法
  1. usage: check_VASP_convergency.py [-h] [-p <POSCAR>] [-s <OSZICAR>] [-o <OUTCAR>]

复制代码


如果当前目录下有  POSCAR, OSZICAR, OUTCAR 文件，就不需要输入任何参数，直接
  1. python check_VASP_convergency.py
复制代码


就可以运行，并绘制好能量随离子步的变化趋势，最大受力随离子步的变化趋势
(, 下载次数 Times of downloads: 107)


整体的思路来自知乎帖子 VASP结构优化计算中查看能量和力收敛情况 - 知乎 (zhihu.com)，这个帖子是 bash 脚本，绘图的结果看着不美观。

python 绘图更灵活，且能局部放大。


另外，我的脚本还能检查当前目录是否含有 POSCAR, OSZICAR, OUTCAR 文件，如果没有任意上述文件，会提示你缺少哪些文件，并退出运行。

如果当前目录里 POSCAR, OSZICAR, OUTCAR 文件名改了，或者上述文件移动到另外的目录下了，还可以通过 -p, -s, -o 参数开指定文件名
  1. python check_VASP_convergency.py -p test1_POSCAR -s ../mytest/OSZICAR -o ../final_OUTCAR
复制代码


这样更灵活，更方便。

-----------------------------

原 python 脚本 axis 轴弄错了，应该是 -1。现已更新。

  1. np.amax(np.linalg.norm(data, axis=-1), axis=-1)
复制代码

可以重新下载，替换原脚本。

给大家带来的不便，请谅解。


作者
Author: 卡开发发    时间: 2024-5-13 05:50
可以使用python库ase。ase gui XDATCAR，会显示结构轨迹和能量变化曲线(i,e-E[-1]，此处i为步数，e为能量，E[-1]表示最后一步能量)，如果要看力把这个在Graph的对话框改成(i,fmax)即可。
作者
Author: XIEH    时间: 2024-5-13 16:34
乐平 发表于 2024-5-12 22:32
可以我写的 python 脚本

基本用法，输入

感谢回复
作者
Author: XIEH    时间: 2024-5-13 17:06
卡开发发 发表于 2024-5-13 05:50
可以使用python库ase。ase gui XDATCAR，会显示结构轨迹和能量变化曲线(i,e-E[-1]，此处i为步数，e为能量， ...

感谢回复
作者
Author: Weldingspock    时间: 2024-5-13 17:24
我也推荐一个，虽然不能画图，直接显示在屏幕上也能清楚看到
https://github.com/Ionizing/usefultools-for-vasp
作者
Author: XIEH    时间: 2024-5-14 12:39
Weldingspock 发表于 2024-5-13 17:24
我也推荐一个，虽然不能画图，直接显示在屏幕上也能清楚看到
https://github.com/Ionizing/usefultools-fo ...

谢谢
作者
Author: Minshen    时间: 2024-6-24 11:03
(, 下载次数 Times of downloads: 75) 您好，请教一下，我用您的脚本，运行出来，力的图上只有一个点，改变横轴纵轴范围也是这样,是咋回事呢
作者
Author: 乐平    时间: 2024-6-28 17:58
Minshen 发表于 2024-6-24 11:03
您好，请教一下，我用您的脚本，运行出来，力的图上只有一个点，改变横轴纵轴范围也是这样,是咋回事呢

之前的有错误，我更新了一下脚本。
作者
Author: KangBao    时间: 2024-7-27 19:24
我的方法是直接在终端输入"grep FORCES: OUTCAR"获取力的变化，如果有做图需要可以获取力的列进行做图。脚本更直观，但这样也可以很方便的浏览趋势
作者
Author: XIEH    时间: 2024-7-28 09:47
KangBao 发表于 2024-7-27 19:24
我的方法是直接在终端输入"grep FORCES: OUTCAR"获取力的变化，如果有做图需要可以获取力的列进行做图。脚 ...

感谢回复，已解决
作者
Author: lxt999    时间: 2024-8-31 15:30
你好 我想请问一下 我在算AIMD分子动力学 查看势能 也可以用这个脚本吗
作者
Author: Yun_ZL    时间: 2024-9-10 09:29
我发现编译VTSTcode之后，可以使用快捷命令grep FORCES：OUTCAR进行查看力的变化，没有编译vtstcode的情况下vasp的outcar并没有输出力的信息
作者
Author: XIEH    时间: 2024-9-25 09:53
Yun_ZL 发表于 2024-9-10 09:29
我发现编译VTSTcode之后，可以使用快捷命令grep FORCES：OUTCAR进行查看力的变化，没有编译vtstcode的情况 ...

谢谢你的分享，但是我的估计没有编译VTSTcode，输入命令没有反应
作者
Author: 阿宁    时间: 2024-10-26 17:15
本帖最后由 阿宁 于 2025-6-16 15:43 编辑
乐平 发表于 2024-5-12 22:32
可以我写的 python 脚本

基本用法，输入


作者
Author: 乐平    时间: 2024-10-26 22:23
阿宁 发表于 2024-10-26 17:15
您好，感谢分享。我在使用你的脚本时出现如下报错，百度找不到解决方法，想请教一下。
[qxn@Master ~/00 ...

报错里写得很清楚啊

你的 numpy 版本太高了（2.0版），里面没有 np.asfarray 这个函数了，需要把它换成 np.asarray
作者
Author: Alston453    时间: 2024-11-7 15:50
乐平 发表于 2024-6-28 17:58
之前的有错误，我更新了一下脚本。

File "check_VASP_convergency.py", line 203
    raise FileNotFoundError(f"The file {file_path.name} does not exist.")
请问输入您说的运行命令后出现这个问题怎么解决呀大佬
作者
Author: 乐平    时间: 2024-11-7 16:30
Alston453 发表于 2024-11-7 15:50
File "check_VASP_convergency.py", line 203
    raise FileNotFoundError(f"The file {file_path.nam ...

你的 POSCAR, OUTCAR, OSZICAR 是不是改名了？

如果改名了，需要按我帖子最后写的，输入参数 和 新的文件名

http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 65&fromuid=1532

  1. python check_VASP_convergency.py -p 你的新POSCAR -o 你的新OUTCAR -s 你的新OSZICAR
复制代码
作者
Author: lulu沙    时间: 2025-5-14 22:17
本帖最后由 lulu沙 于 2025-5-15 11:15 编辑
乐平 发表于 2024-5-12 22:32
可以我写的 python 脚本

基本用法，输入

老师您好，我优化了一个石墨烯单胞原胞，使用了您的脚本文件输出结果图如下（感谢老师提供的脚本），想请教一下老师我的结果收敛了没呢？（因为energy of each ionic step一直上升，max force of each ionic step一直为0，所以我没把握）注：在OSZICAR文件中每个SCF循环最后一行的dE和d eps均小于EDIFF，OUTCAR中也输出了“reached required accuracy - stopping structural energy minimisation”的信息。
作者
Author: 99215194    时间: 2025-5-23 13:40
本帖最后由 99215194 于 2025-5-23 13:41 编辑
乐平 发表于 2024-5-12 22:32
可以我写的 python 脚本

基本用法，输入

大佬，我运行代码之后识别出能量和受力的离子步数不一致，该怎么解决？
VASP/6.3.0
Python/3.11.7
(, 下载次数 Times of downloads: 28)
作者
Author: 99215194    时间: 2025-5-23 18:44
99215194 发表于 2025-5-23 13:40
大佬，我运行代码之后识别出能量和受力的离子步数不一致，该怎么解决？
VASP/6.3.0
Python/3.11.7

应该是不同版本的VASP产生的OUTCAR格式不一样导致的。自己写了一个可以用的脚本，遇到同样问题的朋友可以拿去试试。
(, 下载次数 Times of downloads: 6)
作者
Author: cxyunstoppable    时间: 2025-6-4 16:49
乐平 发表于 2024-5-12 22:32
可以我写的 python 脚本

基本用法，输入

您好，这个脚本怎么用的
作者
Author: cxyunstoppable    时间: 2025-6-4 16:50
cxyunstoppable 发表于 2025-6-4 16:49
您好，这个脚本怎么用的

是把这个脚本放在计算文件夹里，然后用命令么
作者
Author: chuexue_hu    时间: 2025-8-16 16:44
乐平 发表于 2024-11-7 16:30
你的 POSCAR, OUTCAR, OSZICAR 是不是改名了？

如果改名了，需要按我帖子最后写的，输入参数 和 新的 ...

老师您好，我用您这个脚本看了一下结果，最终是达到了我设定的收敛标准的，但是我看OUTCAR里，第一轮的SCF达到最大步数后未收敛，此后的离子步和scf均收敛了，这样得出来的结果可信吗？
作者
Author: 乐平    时间: 2025-8-16 22:58
本帖最后由 乐平 于 2025-8-16 23:07 编辑
chuexue_hu 发表于 2025-8-16 16:44
老师您好，我用您这个脚本看了一下结果，最终是达到了我设定的收敛标准的，但是我看OUTCAR里，第一轮的SC ...

打个比方

赛跑比赛，你第一步起跑的时候比所有人都慢，但是后来追上了所有人。你第一个冲过终点线，你是不是冠军呢？
难道必须所有时刻都领先才是冠军吗？
作者
Author: chuexue_hu    时间: 2025-8-17 18:28
乐平 发表于 2025-8-16 22:58
打个比方

赛跑比赛，你第一步起跑的时候比所有人都慢，但是后来追上了所有人。你第一个冲过终点线，你 ...

好的老师，明白了，谢谢老师
作者
Author: KCM@SHU    时间: 2025-10-31 21:05
乐平 发表于 2024-5-12 22:32
可以我写的 python 脚本

基本用法，输入

请问老师这个可以在win系统下面使用吗？
作者
Author: 乐平    时间: 2025-11-3 16:47
本帖最后由 乐平 于 2025-11-3 22:28 编辑
KCM@SHU 发表于 2025-10-31 21:05
请问老师这个可以在win系统下面使用吗？

Window系统一样的用，你需要先在 Windows 里安装 Anaconda3（省心省力，不用像只安装 python 那样再自己安装 Numpy 之类的库）

然后把计算的结果从服务器下载到自己的电脑，再用 cmd 或者 power shell 运行脚本就行了。

我的脚本可以自己指定文件的位置。也就是说，你不管在哪个盘启动脚本，都可以通过 -p 自己添加 POSCAR 所在的完整路径， -s 自己添加 OSZICAR 的完整路径，-o 自己添加 OUTCAR 的完整路径来找到相应的文件。
作者
Author: KCM@SHU    时间: 2025-11-3 17:14
乐平 发表于 2025-11-3 16:47
Window系统一样的用，你需要先在 Windows 里安装 Anaconda3（省心省力，不用像只安装 python 那样再自己 ...

好的，谢谢老师
作者
Author: 杨星元    时间: 2025-12-23 12:49
Minshen 发表于 2024-6-24 11:03
**** 作者被禁止或删除 内容自动屏蔽 ****

哎，我想问下那个力为啥输出的是一个点，而不是随着离子步变化，就是把每个离子步的最大力输出出来呢



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