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标题: VMD无法加载完整的轨迹 [打印本页]

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Author: 分子动力学打工 时间: 2024-5-12 21:35
标题: VMD无法加载完整的轨迹
gromacs运行时长10ns，xtc设置0.01ns输出一帧，预计是1000帧。实际跑完后gromacs整个过程没有报错，gmx check也显示xtc、trr步长正常，但VMD无法加载完整的轨迹，总是在500、600帧时停止，还请各位老师指点一下

作者
Author: fhh2626 时间: 2024-5-12 22:40
看看轨迹大小，应该是超过4G了，用论坛里面编译的64位版本就行

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-12 23:49
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt：

(, 下载次数 Times of downloads: 17)

作者
Author: 分子动力学打工 时间: 2024-5-13 08:33

fhh2626 发表于 2024-5-12 22:40
看看轨迹大小，应该是超过4G了，用论坛里面编译的64位版本就行

感谢老师一眼看出我问题！trr确实超过4GB了，我用论坛大佬发的非正式版1.9.4再试试http://bbs.keinsci.com/thread-19148-1-1.html

作者
Author: 分子动力学打工 时间: 2024-5-13 08:34

sobereva 发表于 2024-5-12 23:49
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt：

...

感谢sob老师，很有帮助，设置stride的方法很有用！

作者
Author: 恰恰怪味豆 时间: 2024-9-4 12:42
您好，想问一下VMD无法加载全部轨迹是如何解决的呀

作者
Author: 乐平 时间: 2024-9-4 14:49

恰恰怪味豆发表于 2024-9-4 12:42
您好，想问一下VMD无法加载全部轨迹是如何解决的呀

你发帖提问之前不看看帖子里的讨论么…… 2楼写的很详细了啊

作者
Author: 恰恰怪味豆 时间: 2024-9-4 15:41

乐平发表于 2024-9-4 14:49
你发帖提问之前不看看帖子里的讨论么…… 2楼写的很详细了啊

你好，我是有点不明白那个stride的设置怎么弄，而且我点上面那个链接我没有权限访问，所以想问一下具体的操作

作者
Author: Loading0760 时间: 2024-9-4 15:58
无法加载的原因:
轨迹太大了,占内存达到上限.
解决办法:
第一种办法: 使用64位的vmd,可以加载大于4GB的轨迹,但是如果系统内存满了还是会崩溃
第二种办法: stride策略,不全部导入,每隔一定帧数导入一次,设置为2,就相当于每2帧导入一次,这样处理会损失数据

作者
Author: 乐平 时间: 2024-9-4 16:16

恰恰怪味豆发表于 2024-9-4 15:41
你好，我是有点不明白那个stride的设置怎么弄，而且我点上面那个链接我没有权限访问，所以想问一下具体的 ...

stride 就在你导入轨迹的界面呀

(, 下载次数 Times of downloads: 12)

比如，上图中，设置 stride 10，就代表每间隔 10 帧导入，于是原本有 501 帧的轨迹，设置了 stride 10 后，导入的就只有 51 帧。
另外，导入的时候勾选最下方的 Load at once，就不会在导入的过程中显示每一帧的动画，能加快导入的时间。

另外，你说打不开 2楼链接，怎么会呢…… 你自己在浏览器的地址栏输入 http://bbs.keinsci.com/thread-23119-1-1.html 就行了啊，原帖子没有设置阅读权限。

作者
Author: 恰恰怪味豆 时间: 2024-9-4 16:19

乐平发表于 2024-9-4 16:16
stride 就在你导入轨迹的界面呀

谢谢谢谢，麻烦了，明白了

作者
Author: 恰恰怪味豆 时间: 2024-9-4 16:47

乐平发表于 2024-9-4 16:16
stride 就在你导入轨迹的界面呀

你好，想问一下就是我下载了链接里面的vmd，为什么还是没跑完就停下来了呀

作者
Author: 乐平 时间: 2024-9-5 09:31

恰恰怪味豆发表于 2024-9-4 16:47
你好，想问一下就是我下载了链接里面的vmd，为什么还是没跑完就停下来了呀

请表达清楚，什么叫 “没跑完就停下来了”……

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