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标题: gmx模拟浓度扩散相关问题 [打印本页]

作者
Author: wangs 时间: 2024-5-13 11:55
标题: gmx模拟浓度扩散相关问题
各位老师好，我想要模拟离子在浓度梯度驱动下的扩散，下面是我的模拟体系，中间为蒙脱土片层，两侧分别为0.5mol以及0.01mol的NACL溶液，为防止离子从高浓度一侧跨盒子跑到低浓度一侧，我在盒子两侧分别放置了两个石墨烯板，但是由于模拟体系中其他原子均采用Clayff力场，石墨烯采用GAFF力场，总是模拟崩溃，后续我又将石墨烯板换成蒙脱土片层，并将其原子电荷均设置为0，系统能够正常运行，请问各位老师这种做法是否合理，审稿人问起来该如何回答？ (, 下载次数 Times of downloads: 18) (, 下载次数 Times of downloads: 17)

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-14 07:58
石墨烯片本来也不是唯一的障碍物，能达到目的就完了，用wall也可以

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Author: wangs 时间: 2024-5-14 10:57

sobereva 发表于 2024-5-14 07:58
石墨烯片本来也不是唯一的障碍物，能达到目的就完了，用wall也可以

好的明白，非常感谢老师的解答

作者
Author: yxdd98 时间: 2024-6-26 16:01
您好，想和您请教下中间的蒙脱土片层的这种排列结构是怎么构建的呢，另外这些蒙脱土层的周期性是怎么考虑的呢，比如盒子边缘处是考虑周期性成键了吗？

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