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标题: 求助：GROMACS如何计算热导率 [打印本页]

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Author: DGY 时间: 2024-5-13 20:43
标题: 求助：GROMACS如何计算热导率
各位老师好，查阅文献发现非平衡分子动力学热导率计算（例如想研究气体在壁面凝结/液体在壁面蒸发过程中，壁面与分子间的热导率计算）基本都是采用lammps，采用compute chunk/atom计算温度梯度，Langevin恒温器进行控温，请问如何使用GROMACS对体系温度沿热流方向分块统计温度，实现温度梯度计算。GROMACS如何采用Langevin恒温器进行控温，是采用sd积分，在再加上Langevin 随即动力学设置：bd-fric = 0; ld-seed = -1 ; 就可以了吗？另外文献中说道统计控温层的热量累计可否用gromacs实现，如何实现。

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Author: sobereva 时间: 2024-5-14 07:18
我不知道算这类问题有什么必要非得用Langevin热浴，我自己从来不用那个
沿热流方向分块统计温度，可以设不同索引组，gmx energy提取不同组的温度。或者设nstvout让trr记录原子速度，之后用gmx traj处理

作者
Author: DGY 时间: 2024-5-14 09:14
老师好，我理解的求热导率的温度切块是每计算一步，在沿热流方向不同切块内需重新统计一下在相应切块中的原子的平均温度，最终得到的是沿盒子热流方向的温度随距离的变化，但由于体系是气体，在低壁温作用下气体分子凝结，向壁面移动，如果按照设置索引组的方法，那不是一开始就要沿盒子热流方向分区，得到每个区域的原子序号，设置多个索引组，然后模拟，但这个在计算过程中每个组内原子是固定的，气体分子在这个过程中又不断向壁面移动，那最终不就无法得到固定位置区间的温度了吗？

作者
Author: Xiong123456 时间: 2025-1-6 09:47

sobereva 发表于 2024-5-14 07:18
我不知道算这类问题有什么必要非得用Langevin热浴，我自己从来不用那个
沿热流方向分块统计温度，可以设不 ...

老师您好，我现在可以得到完整的温度梯度，但是体系的热流统计不出来，我用gmx energy导出的体系的能量，他是震荡的，基本保持不变，因此是不能作为热流。最好是能输出高温组原子能量随着时间的变化，但是不知道如何实现

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Author: sobereva 时间: 2025-1-7 01:11

Xiong123456 发表于 2025-1-6 09:47
老师您好，我现在可以得到完整的温度梯度，但是体系的热流统计不出来，我用gmx energy导出的体系的能量， ...

gmx traj可以得到特定原子的动能/温度随时间的变化

北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）里我讲了：
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