计算化学公社

标题: 关于一篇文献里对水的模拟步长的疑问 [打印本页]

作者
Author: hpz1994 时间: 2024-5-14 10:41
标题: 关于一篇文献里对水的模拟步长的疑问
最近在一个公众号上推送了JCTC上的这篇文章。说是在分子动力学模拟过程中，建议使用时间步长为0.5 fs不建议使用2 fs，而且文中研究的是 SPC/E 水模型。
本人不是计算化学方向，不太懂这方面的问题，有点疑问请教一下各位老师。首先就是除了SPC/E以外的水模型这个结论还成立吗？比如OPC水模型。第二个疑问是对于我们要模拟成百上千万原子的蛋白体系用这么小的步长感觉不太现实，所以实际研究中究竟需不需要用到这么小的步长？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-14 17:46
完全不需要
2fs步长结合刚性水模型对于绝大多数实际问题的研究根本没问题。此文里研究的问题也并不是绝大多数人关注的，不具备一般意义。文章不过是发现了大多数人不在意、也不影响大多数实际问题研究的小问题（平动-转动温度均分）受步长影响大而已，但2fs时也没什么严重问题。

作者
Author: hpz1994 时间: 2024-5-14 19:48

sobereva 发表于 2024-5-14 17:46
完全不需要
2fs步长结合刚性水模型对于绝大多数实际问题的研究根本没问题。此文里研究的问题也并不是绝大 ...

谢谢老师

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