计算化学公社

标题: 求助Deepmd-kit训练gaussian单点计算的log文件 [打印本页]

作者
Author: liurui 时间: 2024-5-14 21:48
标题: 求助Deepmd-kit训练gaussian单点计算的log文件
请问各位老师有用过deepmd-kit训练gaussian单点的log文件吗？
0.log文件和bh.py文件放到一个文件夹里，bh.py文件为：
import dpdata
import numpy as np
data =dpdata.LabeledSystem('0.log', fmt = 'gaussian/log')
print('# the data contains %d frames' % len(data))          #输出OUTCAR数据文件包含的帧数，这里从屏幕输出可以看出是200帧
index_validation = np.random.choice(1,size=0,replace=False) #随机选取40帧作为验证数据，其余为训练数据
index_training = list(set(range(1))-set(index_validation))
data_training = data.sub_system(index_training)
data_validation = data.sub_system(index_validation)
data_training.to_deepmd_npy('training_data')
data_validation.to_deepmd_npy('validation_data')
print('# the training data contains %d frames' % len(data_training))
print('# the validation data contains %d frames' % len(data_validation))

在linux页面输入python bh.py报错：

# the data contains 0 frames
Traceback (most recent call last):
  File "/home/user/workplace/lr/waterdpmdkit/0/bh.py", line 7, in <module>
data_training = data.sub_system(index_training)
                  ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  File "/home/user/deepmd-kit/lib/python3.11/site-packages/dpdata/system.py", line 405, in sub_system
new_shape = [slice(None) for _ in self.data[tt.name].shape]
                                    ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
AttributeError: 'list' object has no attribute 'shape'

想请问各位老师，如何修改bh.py文件呐？谢谢各位老师！

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-5-14 23:58
检查是不是python版本和deepmd-kit官方要求的不符

作者
Author: liurui 时间: 2024-5-15 09:15

wzkchem5 发表于 2024-5-14 23:58
检查是不是python版本和deepmd-kit官方要求的不符

老师，我刚刚看了官网，不是python的问题，还是学生写的bh.py有问题，谢谢老师！

作者
Author: liurui 时间: 2024-5-15 09:42
本帖最后由 liurui 于 2024-5-15 10:23 编辑

wzkchem5 发表于 2024-5-14 23:58
检查是不是python版本和deepmd-kit官方要求的不符

老师，好像要优化的log文件，优化到第22步数为稳定结构，训练数据和验证数据如何选择呐，谢谢老师！！！

import dpdata
import numpy as np
data =dpdata.LabeledSystem('0.log',md=False,fmt = 'gaussian/log')
print('# the data contains %d frames' % len(data)) #输出OUTCAR数据文件包含的帧数，这里从屏幕输出可以看出是200帧
index_validation = np.random.choice(22) #随机选取40帧作为验证数据，其余为训练数据
index_training = list(set(range(22)))
data_training = data.sub_system(index_training)
data_validation = data.sub_system(index_validation)
data_training.to_deepmd_npy('training_data')
data_validation.to_deepmd_npy('validation_data')
print('# the training data contains %d frames' % len(data_training))
print('# the validation data contains %d frames' % len(data_validation))
谢谢老师！！！

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-5-15 15:29

liurui 发表于 2024-5-15 02:42
老师，好像要优化的log文件，优化到第22步数为稳定结构，训练数据和验证数据如何选择呐，谢谢老师！！！
...

你训练这个模型的目的是什么？给定若干个结构下的能量和梯度，然后希望模型能预测其他结构下的能量和梯度，是吗

作者
Author: liurui 时间: 2024-5-16 15:25

wzkchem5 发表于 2024-5-15 15:29
你训练这个模型的目的是什么？给定若干个结构下的能量和梯度，然后希望模型能预测其他结构下的能量和梯度 ...

老师，这个问题解决啦，嘿嘿嘿，优化的log可以用来训练，不是bh.py文件的问题呀，谢谢老师

作者
Author: archer 时间: 2024-6-9 21:09
请问有没有计算过单点能和力，Gaussian关键词写了force，但是力拟合的误差很大。

作者
Author: 蒲昊贤 时间: 2025-11-27 22:23
同学你好呀，你的用Gaussian训练deepmd势函数训练的这么样呀！我最近也在训练这个，但是我训练的感觉不是太好。我想请教一下

作者
Author: ljh123 时间: 2025-11-27 22:54

蒲昊贤发表于 2025-11-27 22:23
同学你好呀，你的用Gaussian训练deepmd势函数训练的这么样呀！我最近也在训练这个，但是我训练的感觉不是太 ...

想问问你是用非周期性数据训练，来跑周期性动力学吗？

作者
Author: 蒲昊贤 时间: 2025-11-28 10:22

ljh123 发表于 2025-11-27 22:54
想问问你是用非周期性数据训练，来跑周期性动力学吗？

就是我学姐他们以前算的数据，有很多我就想拿来做个势函数不是周期性的训练数据，我能跑出来但是就是效果不好。你也做这个嘛能请教你一下嘛

作者
Author: ljh123 时间: 2025-11-29 09:05

蒲昊贤发表于 2025-11-28 10:22
就是我学姐他们以前算的数据，有很多我就想拿来做个势函数不是周期性的训练数据，我能跑出来但是就是效果 ...

我没用过高斯的数据。不过深势科技他们自己的数据集很多都是非周期性体系的，我觉得应该也可以用吧。效果不好就用dpgen之类的扩充下数据集，大部分问题都是因为数据集不充分

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)