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标题: Amber内置XTB严重的并行负优化 [打印本页]

作者
Author: ZetaFunction 时间: 2024-5-15 17:14
标题: Amber内置XTB严重的并行负优化
前段时间发布的Amber24中，QM/MM模块终于迎来更新，可以通过动态编译的方法将DFTB+和XTB内嵌如sander中以实现半经验算法。旧版Amber的DFTB不支持D3矫正和H4/H5矫正，局限性极大，现在终于可以支持完整的DFTB了。XTB本身虽然也可以跑动力学或者借助ORCA跑动力学，但是二者都不支持周期性边界，也就无法控制NVT或者NPT系综，对于上万个原子的蛋白体系跑QM/MM MD也很麻烦。在Amber22以及更早版本中，想要实现XTB QM/MM MD，只能通过外调ORCA连接XTB，这样的递归调用初步估计至少三分之二的时间浪费在了进程通讯上。由于XTB本身并行效率不高，对于150个原子左右的体系，在学校超算上测试下来Amber+ORCA+XTB以8核并行最快，速度可以到达120ps/day。

现在Amber24支持将XTB内嵌，原本我预计速度很有希望可以到达0.5ns/day，但不幸的是情况并非如此。我按照Amber Manual上写的方法，先编译XTB的动态库后在编译Amber，sander运行XTB QM/MM一切正常，单核速度就有80ps/day。然而当我尝试并行“mpirun -np 8 sander.MPI”，却发现速度居然掉到了60ps/day！用XTB程序算QM区域的单点，8核并行的加速效果非常明显，也就是说Amber内嵌的XTB没有正常并行。而且Amber输出文件中还有这样一段内容：

|QMMM: Running QMMM calculation in parallel mode on 8 threads.
|QMMM: All atom division among threads:
|QMMM: Start End Count
|QMMM: Thread( 0): 1-> 4746 ( 4746)
|QMMM: Thread( 1): 4747-> 9492 ( 4746)
|QMMM: Thread( 2): 9493-> 14238 ( 4746)
|QMMM: Thread( 3): 14239-> 18984 ( 4746)
|QMMM: Thread( 4): 18985-> 23730 ( 4746)
|QMMM: Thread( 5): 23731-> 28476 ( 4746)
|QMMM: Thread( 6): 28477-> 33222 ( 4746)
|QMMM: Thread( 7): 33223-> 37962 ( 4740)

复制代码

Amber内置的QM/MM模块的并行策略疑似是将QM区域的原子按照核数拆分成多个小块后分别处理的，当然也可能只是在预处理部分做拆分QM计算依然是整体计算。也许是因为XTB程序的并行方式是OpenMP，和基于OpenMPI的sander.MPI不太适配。我也尝试过设置“export OMP_NUM_THREADS=8”和“export MKL_NUM_THREADS=8”后再用sander，也没有任何加速效果。

虽然目前只能单核运行，但是速度还是可以到达原先递归调用时8核并行的三分之二，足见递归调用时大部分的时间都浪费在了进程通讯上。虽然80ps/day的速度也勉强够用了，但是这显然远远不是极限。刚刚邮件联系了Amber XTB模块的开发者Timothy J. Giese，不知道有没有什么解决方法。

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2024-5-15 20:21
抓个虫，ORCA/xtb不能用周期性边界条件不妨碍NVT系综
如果生物体系模拟xtb/DFTB+的精度绝对是不足够的，尤其是涉及金属的时候(CYP/Zinc-Finger/EFHand等等)
目前QM/MM直接用内置的Quick或者调用ORCA/Gaussian至少在正规DFT级别计算才是正解，基本上不能比B3LYP/6-31G*这个级别再低了

作者
Author: ZetaFunction 时间: 2024-5-15 20:54

喵星大佬发表于 2024-5-15 20:21
抓个虫，ORCA/xtb不能用周期性边界条件不妨碍NVT系综
如果生物体系模拟xtb/DFTB+的精度绝对是不足够的，尤 ...

ORCA的MD只能通过定义“反弹边界”的方式实现体积控制，而且只能是方形球形等特定形状，感觉和真正的NVT系综还是有所差异的。B3LYP/6-31g(d)即便是不到五十个原子的小体系，即便设定间隔时间1fs，在Gaussian中设置int=fine，极限速度最快最快也只有3-5ps/day，超过100个原子一天也跑不完一皮秒。对于某些类型的任务，比如伞形采样/Meta MD，尤其是二维的PMF，这个速度完全无法接受。现在流行的做法是先用DFTB或者XTB等半经验方法得到PMF，然后选取一部分结构用DFT矫正。

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2024-5-16 10:21
本帖最后由喵星大佬于 2024-5-16 10:24 编辑

ZetaFunction 发表于 2024-5-15 20:54
ORCA的MD只能通过定义“反弹边界”的方式实现体积控制，而且只能是方形球形等特定形状，感觉和真正的NVT ...

在IRC上做US完全可以每个窗口独立做，比如去商业超算上一次开几十台机器其实也用不了多久

再就是开边界也属于NVT，对于Amber挂gaussian/orca/qchem等程序做QM/MM的时候QM区显然是开边界，PBC的MM部分用ORCA显然不如挂在amber里

作者
Author: ZetaFunction 时间: 2024-5-16 22:55

喵星大佬发表于 2024-5-16 10:21
在IRC上做US完全可以每个窗口独立做，比如去商业超算上一次开几十台机器其实也用不了多久

再就是开边 ...

IRC上要怎么做伞形采样？是根据IRC组合CV吗？IRC上的点是0K绝热近似下的静态结构，跑动力学初始速度要怎么赋予？而且一个窗口至少也要几千帧甚至上万帧，这个计算量对于大体系感觉还是有点吃不消。

作者
Author: ZetaFunction 时间: 2024-5-17 01:05
以下是Amber XTB模块的开发者Timothy J. Giese的回复：

The MPI parallelization of sander/xtb only improves the performance of (1) the MM calculation, and (2) pre-SCF calculation of the QM/MM Ewald planewaves. As you correctly note, the XTB software does not support MPI parallelization. In my experience, the parallelization of XTB is not that great for systems with ~150 atoms; however, the XTB performance is similar to other programs such as DFTB+ and SQM.

他认为XTB并行效率不高所以单核运行也无所谓

作者
Author: Rowena 时间: 2024-5-21 09:22
试一试sander.OMP

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