计算化学公社

标题: 计算离子在纳米通道内速度分布曲线，请问该如何实现 [打印本页]

作者
Author: wangs 时间: 2024-5-15 18:02
标题: 计算离子在纳米通道内速度分布曲线，请问该如何实现
各位老师好，我想仿照这篇文献计算离子在纳米通道内速度分布曲线，请问该如何实现，图中横坐标为模拟盒子的Z坐标，纵坐标为阴阳离子的速度分布 (, 下载次数 Times of downloads: 15)

作者
Author: lyj714 时间: 2024-5-15 18:09
gmx无直接命令方法，需要自己写程序或者脚本算

作者
Author: wangs 时间: 2024-5-15 21:42

lyj714 发表于 2024-5-15 18:09
gmx无直接命令方法，需要自己写程序或者脚本算

老师可否再指点一下，如果用VMD的tcl脚本，大致思路应该是什么样的

作者
Author: lyj714 时间: 2024-5-15 22:21

wangs 发表于 2024-5-15 21:42
老师可否再指点一下，如果用VMD的tcl脚本，大致思路应该是什么样的

tcl比较难搞，官网的那个vmd读取不了trr的速度信息，还得自己想办法把速度载入vmd才可以。倘若是我做我肯定自己写程序弄了，比如用MDAnalysis或者是xdrlib库读取trr中的速度(这个必须mdp中已经设置导出速度才会有)，然后把体系沿着Z方向划分成n等份，算每一份中离子的平均速度。

作者
Author: wangs 时间: 2024-5-16 13:15

lyj714 发表于 2024-5-15 22:21
tcl比较难搞，官网的那个vmd读取不了trr的速度信息，还得自己想办法把速度载入vmd才可以。倘若是我做我肯 ...

好的多谢老师指点，我去尝试一下

作者
Author: wangs 时间: 2024-5-16 16:17
本帖最后由 wangs 于 2024-5-22 10:15 编辑

lyj714 发表于 2024-5-15 22:21
tcl比较难搞，官网的那个vmd读取不了trr的速度信息，还得自己想办法把速度载入vmd才可以。倘若是我做我肯 ...

老师，我通过MDAnalysis库写了一个分析脚本，但是出现了如下报错MDAnalysis.exceptions.NoDataError: This Universe has no coordinates，这是因为我mdp没保存原子坐标吗？有什么方法能够快速让trr文件中保存原子坐标吗？重新跑一次需要两天有点不划算

(, 下载次数 Times of downloads: 15)

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2024-5-16 16:45

wangs 发表于 2024-5-16 16:17
老师，我通过MDAnalysis库写了一个分析脚本，但是出现了如下报错MDAnalysis.exceptions.NoDataError: Thi ...

问题可能是你的trr文件里没有坐标，只有速度
另外吐槽一下文献里纵坐标速度都拼错了

作者
Author: wangs 时间: 2024-5-16 16:59

Lacrimosa 发表于 2024-5-16 16:45
问题可能是你的trr文件里没有坐标，只有速度
另外吐槽一下文献里纵坐标速度都拼错了

老师，只能重新跑一遍轨迹吗？有没有什么快速的方法让trr文件中保存坐标？
哦还真是，刚发现，这还是篇AM上的文章

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2024-5-16 17:02

wangs 发表于 2024-5-16 16:59
老师，只能重新跑一遍轨迹吗？有没有什么快速的方法让trr文件中保存坐标？
哦还真是，刚发现，这还是篇A ...

你看看MDAnalysis能不能从xtc里读取坐标从trr里读取速度

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