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标题: 菜鸡初识Gaussian，求大佬解惑，输出的chk文件似乎出了点问题 [打印本页]

作者
Author: 0verlooker 时间: 2024-5-15 18:16
标题: 菜鸡初识Gaussian，求大佬解惑，输出的chk文件似乎出了点问题
菜鸡初识Gaussian

，创建了gjf如下：
%chk=aaa.chk
# hf/3-21g geom=connectivity

Title Card Required

0 1
C                -3.41778617 0.96045196 -0.04474127
C                -2.02262617 0.96045196 -0.04474127
C                -1.32508817 2.16820296 -0.04474127
C                -2.02274217 3.37671196 -0.04594027
C                -3.41756717 3.37663396 -0.04641927
C                -4.11516817 2.16842796 -0.04542327
H                -3.96754517 0.00813496 -0.04429127
H                -1.47311817 0.00793896 -0.04342627
H                -0.22540817 2.16828296 -0.04410727
H                -1.47254217 4.32885496 -0.04599927
H                -3.96768917 4.32891496 -0.04737227
H                -5.21477217 2.16861096 -0.04560327

1 2 1.5 6 1.5 7 1.0
2 3 1.5 8 1.0
3 4 1.5 9 1.0
4 5 1.5 10 1.0
5 6 1.5 11 1.0
6 12 1.0
7
8
9
10
11
12
然后试了试运行
结果输出的chk无法使用formchk转换，报错：
~/Gaussian16/g16/formchk aaa.chk
Read checkpoint file aaa.chk
Write formatted file aaa.fchk
Illegal MolTyp in RwMol1.
Error termination via Lnk1e at Wed May 15 16:00:21 2024.
然后去查看log文件找到了最后计算完成输出的时候存在不正常的
No NMR shielding tensors so no spin-rotation constants.
Leave Link  601 at Sun May 12 17:12:35 2024, MaxMem=  1310720000 cpu:             0.6 elap:             0.1
(Enter /public/home/liucy/Gaussian16/new/g16/l9999.exe)
Unable to Open any file for archive entry.
1\1\GINC-A02R3N08\FOpt\RM062X\6-31G(d)\C1H4\LIUCY\12-May-2024\0\\#p m0
62x 6-31g(d)opt\\Title_test\\0,1\C,-2.25708867,0.748160745,-0.01975407
1\H,-1.8932475065,-0.2809771455,-0.0197549905\H,-1.8932280541,1.262722
5466,0.8715016692\H,-1.8932295533,1.2627236091,-0.9110098099\H,-3.3486
49566,0.7481739699,-0.0197531529\\Version=ES64L-G16RevC.01\State=1-A1\
HF=-40.4820371\RMSD=3.656e-09\RMSF=2.182e-04\Dipole=0.,0.,0.\Quadrupol
e=0.,0.,0.,0.,0.,0.\PG=TD [O(C1),4C3(H1)]\\@
The archive entry for this job was punched.
后面试着又写了几个gjf，都是计算完成后出现上面的异常提示，最后的chk文件无法被转换。

求各位大佬指点方向，非常感谢

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-15 22:31
确保formchk对应的Gaussian版本和计算chk文件的Gaussian版本完全对应，并且确保Gaussian正确安装了：
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439（http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html）

如果能确保，重算再试

作者
Author: 0verlooker 时间: 2024-5-16 12:32

sobereva 发表于 2024-5-15 22:31
确保formchk对应的Gaussian版本和计算chk文件的Gaussian版本完全对应，并且确保Gaussian正确安装了：
Gaus ...

多谢大佬指教，来汇报一下
结果是云平台上的任务提交脚本
#!/bin/bash
#SBATCH -p lzicnormal
#SBATCH -N 1
#SBATCH -n 1
##SBATCH -c 8

export g16root=/public/home/liucy/Gaussian16/new
export GAUSS_SCRDIR=/public/home/liucy/Gaussian16/new/g16/tmp
source /public/home/liucy/Gaussian16/new/g16/bsd/g16.profile
export PGI_FASTMATH_CPU=sandybridge

g16 < test.gjf > test.log

问题排查出来是出在红标的 "-n 1"部分，-n 指的是本次作业申请的总核数，-c指的是作业线程，脚本中写的是：–n 1和–c 8 ，这样是不合规矩的，应该改为"-n 8"
或者单核多线程的：
#SBATCH --ntasks-per-node=1
#SBATCH --cpus-per-task=8
chk文件就输出正常了

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