计算化学公社

标题: 请问参数化含有金属锌和配位水分子的金属酶结构可以用sobtop吗？ [打印本页]

作者
Author: YuniJ 时间: 2024-5-15 20:49
标题: 请问参数化含有金属锌和配位水分子的金属酶结构可以用sobtop吗？
如题所示，通过mcpb.py参数化了含有金属锌和配位水分子的金属酶后，通过vmd查看拓扑文件发现ZN和其他残基之间没有配位键形成（原始结构中ZN和残基就没有配位键），请问换sobtop的话能否生成ZN和其他残基以及配位水分子的配位键吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-15 22:26
本来就未必非得需要bond项才能维持合理结构
先直接跑MD看看情况，和晶体结构对比，能用就用
sobtop不是直接给AMBER用的

作者
Author: YuniJ 时间: 2024-5-16 10:22

sobereva 发表于 2024-5-15 22:26
本来就未必非得需要bond项才能维持合理结构
先直接跑MD看看情况，和晶体结构对比，能用就用
sobtop不是直 ...

老师不好意思我没太懂和晶体结构对比的话是对比什么呢？我还有一个问题是我可以通过位置限制ZN和残基之间的距离来达到一个“配位”的效果吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-17 03:38

YuniJ 发表于 2024-5-16 10:22
老师不好意思我没太懂和晶体结构对比的话是对比什么呢？我还有一个问题是我可以通过位置限制ZN和残基之间 ...

就是把动力学跑的结构和X光衍射测的金属蛋白的晶体结构对比
可以，但这只对应配位键键长，对配位键键角、配位区域的立体结构不起到控制作用

作者
Author: YuniJ 时间: 2024-5-18 20:34

sobereva 发表于 2024-5-17 03:38
就是把动力学跑的结构和X光衍射测的金属蛋白的晶体结构对比
可以，但这只对应配位键键长，对配位键键角 ...

非常感谢老师。我跑完md后ZN和配位水分子的位置都有了相对大的变化，但是ZN属于“活性口袋”部分，这样的话这个模拟结果是不是不能用呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-18 23:58

YuniJ 发表于 2024-5-18 20:34
非常感谢老师。我跑完md后ZN和配位水分子的位置都有了相对大的变化，但是ZN属于“活性口袋”部分，这样的 ...

不能用

作者
Author: YuniJ 时间: 2024-5-19 21:50

sobereva 发表于 2024-5-18 23:58
不能用

谢谢老师，那请问老师我该如何优化结构呢？添加bond项吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-20 02:10

YuniJ 发表于 2024-5-19 21:50
谢谢老师，那请问老师我该如何优化结构呢？添加bond项吗？

bond项肯定得有，有必要时还得添加一些angle项维持配位键之间的键角

作者
Author: YuniJ 时间: 2024-5-20 09:25

sobereva 发表于 2024-5-20 02:10
bond项肯定得有，有必要时还得添加一些angle项维持配位键之间的键角

好的老师，非常感谢老师！

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2024-5-20 09:33
Zn如果不和残基有配位作用怎么可能维持在口袋里不动
如果Zn离子和水分子对Zn的配位数敏感可以使用J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 2733文章中CN对应的看参数

作者
Author: YuniJ 时间: 2024-5-20 13:07

喵星大佬发表于 2024-5-20 09:33
Zn如果不和残基有配位作用怎么可能维持在口袋里不动
如果Zn离子和水分子对Zn的配位数敏感可以使用J. Chem. ...

好嘞老师，谢谢您！我去学习一下。金属酶的话我是直接通过rcsb数据库下载的，然后根据pdb的相应文献确定了ZN和蛋白残基、配位水分子之间的关系。所以这个配位作用我不太懂您是啥意思嘞？

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2024-5-20 14:11

YuniJ 发表于 2024-5-20 13:07
好嘞老师，谢谢您！我去学习一下。金属酶的话我是直接通过rcsb数据库下载的，然后根据pdb的相应文献确定 ...

金属酶咋可能残基不直接和金属作用，那算什么金属酶
不管是MMP几或者DNA结合的Zinc-Finger结构域这些带Zn的都是和Cys/His/Asp/Glu/骨架羰基直接作用的

作者
Author: YuniJ 时间: 2024-5-21 09:46

喵星大佬发表于 2024-5-20 14:11
金属酶咋可能残基不直接和金属作用，那算什么金属酶
不管是MMP几或者DNA结合的Zinc-Finger结构域这些带Z ...

您好，这个结构是这样子的，rcsb里看这个他是虚线，然后mcpb.py使用完后查看结构没有看到配位键

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2024-5-21 12:10

YuniJ 发表于 2024-5-21 09:46
您好，这个结构是这样子的，rcsb里看这个他是虚线，然后mcpb.py使用完后查看结构没有看到配位键

不知道什么是配位键就去找本无机化学重新学一遍

作者
Author: YuniJ 时间: 2024-5-21 12:12

喵星大佬发表于 2024-5-21 12:10
不知道什么是配位键就去找本无机化学重新学一遍

好的

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