计算化学公社

标题: 用gaussian程序怎么生成.47文件 [打印本页]

作者
Author: alystone 时间: 2016-11-28 15:35
标题: 用gaussian程序怎么生成.47文件
我用gaussian做完opt之后，想做一下nbo，但是可能是gaussian内置nbo的版本太老，我的那个做不了，所以想用chk文件生成.47文件，但没找到方法，请教做过的人需要加什么关键词呢

作者
Author: sobereva 时间: 2016-11-28 18:56
用pop=nboread关键词，输入文件末尾空一行写比如

$NBO archive file=c:\ltwd $END，就会产生c:\ltwd.47
如果是Linux版，按照Linux路径格式写，注意要大写，而且系统中实际的路径本身也得是大写，否则可能生成不了。

作者
Author: alystone 时间: 2016-11-30 18:34
本帖最后由 alystone 于 2016-11-30 18:38 编辑

sobereva 发表于 2016-11-28 18:56
用pop=nboread关键词，输入文件末尾空一行写比如

$NBO archive file=c:\ltwd $END，就会产生c:\ltwd.47
...

谢谢sob老师。
我现在已经用生成的.47文件用NBO6.0分析产生的文件用Multiwfn工具分析，能够顺利分析NBO轨道。可是我想在Multiwfn里看NBO布局分析和NBO键级怎么看。我应该怎么得到这些数据。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-11-30 22:38

alystone 发表于 2016-11-30 18:34
谢谢sob老师。
我现在已经用生成的.47文件用NBO6.0分析产生的文件用Multiwfn工具分析，能够顺利分析NBO ...

NBO不会给出NBO布居分析结果
没有所谓的“NBO键级”。

作者
Author: alystone 时间: 2016-12-1 08:27

sobereva 发表于 2016-11-30 22:38
NBO不会给出NBO布居分析结果
没有所谓的“NBO键级”。

谢谢sob老师。我如果用nbo6.0独立程序输出结果，是不是无法使用Multiwfn中的AdNDP功能？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-12-1 13:58

alystone 发表于 2016-12-1 08:27
谢谢sob老师。我如果用nbo6.0独立程序输出结果，是不是无法使用Multiwfn中的AdNDP功能？

我没试过，可以试试

作者
Author: cym 时间: 2016-12-1 20:21

alystone 发表于 2016-11-30 18:34
谢谢sob老师。
我现在已经用生成的.47文件用NBO6.0分析产生的文件用Multiwfn工具分析，能够顺利分析NBO ...

您好，我想问下linux下47输入格式是啥我的路径一直不对

作者
Author: alystone 时间: 2016-12-9 18:37

cym 发表于 2016-12-1 20:21
您好，我想问下linux下47输入格式是啥我的路径一直不对

不好意思刚看到，我用的是windows版本的，linux版本的我没有用过。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-12-10 03:02

cym 发表于 2016-12-1 20:21
您好，我想问下linux下47输入格式是啥我的路径一直不对

诸如
$NBO archive file=/SOB/TEST $END
注意路径要大写，真实目录名本身也得是大写的

作者
Author: a815648905 时间: 2018-11-6 19:59

alystone 发表于 2016-12-9 18:37
不好意思刚看到，我用的是windows版本的，linux版本的我没有用过。

你好，方便分享下win版本的nbo 6.0 吗，非常感谢

作者
Author: sqpc 时间: 2018-11-16 09:32

sobereva 发表于 2016-12-10 03:02
诸如
$NBO archive file=/SOB/TEST $END
注意路径要大写，真实目录名本身也得是大写的

老师在我们这个/export/home/username/都不是大写的啊直接在username下建一个大写的文件夹吗

作者
Author: sobereva 时间: 2018-11-19 09:51

sqpc 发表于 2018-11-16 09:32
老师在我们这个/export/home/username/都不是大写的啊直接在username下建一个大写的文件夹吗

NBO6没这个问题
如果是自带的NBO3，从根目录开始就得是大写的目录

另外，将fch等含有基函数的文件载入Multiwfn，用主功能100的子功能2直接就能转换出.47文件

作者
Author: sqpc 时间: 2018-11-19 10:31

sobereva 发表于 2018-11-19 09:51
NBO6没这个问题
如果是自带的NBO3，从根目录开始就得是大写的目录

谢谢老师您

作者
Author: Q-Chembio-llg 时间: 2020-3-30 20:32

sobereva 发表于 2016-11-28 18:56
用pop=nboread关键词，输入文件末尾空一行写比如

$NBO archive file=c:\ltwd $END，就会产生c:\ltwd.47
...

老师我按照上面的写了可是怎么还是报错啊

作者
Author: sobereva 时间: 2020-3-31 02:47

Q-Chembio-llg 发表于 2020-3-30 20:32
老师我按照上面的写了可是怎么还是报错啊

具体说报什么错
表达不清楚就上传压缩后的输入输出文件

作者
Author: Q-Chembio-llg 时间: 2020-3-31 09:41

sobereva 发表于 2020-3-31 02:47
具体说报什么错
表达不清楚就上传压缩后的输入输出文件

好的，这就是我的输入和输出文件，麻烦老师帮我看看问题出在哪里，谢谢老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-1 03:22

Q-Chembio-llg 发表于 2020-3-31 09:41
好的，这就是我的输入和输出文件，麻烦老师帮我看看问题出在哪里，谢谢老师！

对半经验波函数没法用自带的NBO 3.1做分析
就算抛开这个问题不谈，file=后面也不能用空格，而且后面应当是文件名而不能是某个目录名。

说清楚到底想用NBO研究什么，以便于给你建议用什么方式代替当前做法。用Multiwfn能做多得多的分析。DFT算不动的情况可以用Multiwfn结合xtb产生的波函数做分析，比半经验都快得多。

作者
Author: Q-Chembio-llg 时间: 2020-4-4 09:26

sobereva 发表于 2020-4-1 03:22
对半经验波函数没法用自带的NBO 3.1做分析
就算抛开这个问题不谈，file=后面也不能用空格，而且后面应当 ...

谢谢Sob老师指点。我就是想做NBO分析来看一下关于氢键的那个donnor-accepter二阶微扰能。看看老师能不能给我推荐一个其它的能做这个的好方法。谢谢老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-6 20:39

Q-Chembio-llg 发表于 2020-4-4 09:26
谢谢Sob老师指点。我就是想做NBO分析来看一下关于氢键的那个donnor-accepter二阶微扰能。看看老师能不能 ...

E2分析对于研究氢键基本没有价值，而且还很有误导性。看此文靠后部分的相关说明
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252

作者
Author: yangjunfang 时间: 2023-8-23 17:27

sobereva 发表于 2016-11-28 18:56
用pop=nboread关键词，输入文件末尾空一行写比如

$NBO archive file=c:\ltwd $END，就会产生c:\ltwd.47
...

老师，您好，我使用Gaussian程序产生.47文件，关键词是pop=(full,nboread)，然后输入文件末尾写的是$NBO archive file=/HOME/JFYANG/CO-WORK/compound1 $END，但是生成不了，请问有可能是什么原因啊

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-8-23 18:01

yangjunfang 发表于 2023-8-23 10:27
老师，您好，我使用Gaussian程序产生.47文件，关键词是pop=(full,nboread)，然后输入文件末尾写的是$NBO ...

高斯输出文件有报错吗？stderr有报错吗？

作者
Author: yangjunfang 时间: 2023-8-23 18:50

wzkchem5 发表于 2023-8-23 18:01
高斯输出文件有报错吗？stderr有报错吗？

有报错，下面是报错信息

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-8-23 23:07

yangjunfang 发表于 2023-8-23 11:50
有报错，下面是报错信息

看起来可能是NBO没装对或者和高斯没有接对（环境变量等设置不对）

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-24 04:41

yangjunfang 发表于 2023-8-23 17:27
老师，您好，我使用Gaussian程序产生.47文件，关键词是pop=(full,nboread)，然后输入文件末尾写的是$NBO ...

确保file里的文件夹是存在的

或者用Multiwfn产生。Multiwfn载入fch文件，主功能100的主功能2，直接有选项产生.47文件

作者
Author: yangjunfang 时间: 2023-8-24 09:02

sobereva 发表于 2023-8-24 04:41
确保file里的文件夹是存在的

或者用Multiwfn产生。Multiwfn载入fch文件，主功能100的主功能2，直接有 ...

好的，谢谢您

作者
Author: yangjunfang 时间: 2023-8-24 10:15

wzkchem5 发表于 2023-8-23 23:07
看起来可能是NBO没装对或者和高斯没有接对（环境变量等设置不对）

那这种情况怎么弄呢？麻烦您指导一下

作者
Author: yangjunfang 时间: 2023-8-24 10:16
本帖最后由 yangjunfang 于 2023-8-24 10:20 编辑

sobereva 发表于 2023-8-24 04:41
确保file里的文件夹是存在的

或者用Multiwfn产生。Multiwfn载入fch文件，主功能100的主功能2，直接有 ...

老师，这个fchk文件是Gaussian优化的结果文件就可以吗，我输入fchk文件之后出现了这样的错误

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-8-24 17:12

yangjunfang 发表于 2023-8-24 03:15
那这种情况怎么弄呢？麻烦您指导一下

仔细检查一下安装步骤是否和安装教程严格相符，系统要求是否符合

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-24 21:25

yangjunfang 发表于 2023-8-24 10:16
老师，这个fchk文件是Gaussian优化的结果文件就可以吗，我输入fchk文件之后出现了这样的错误

提示里已经解释得极其清楚了

作者
Author: 太赫兹电磁炉 时间: 2023-9-11 10:52

yangjunfang 发表于 2023-8-23 17:27
老师，您好，我使用Gaussian程序产生.47文件，关键词是pop=(full,nboread)，然后输入文件末尾写的是$NBO ...

1.gaussian生成.47文件在指定文件夹的输入文件中输入$NBO ARCHIVE $END 即可，不需要路径
2.fchk文件在指定文件夹计算终端中输入 formchk 文件名.chk生成fchk文件，然后打开multiwfn，拖入即可

作者
Author: yangjunfang 时间: 2023-9-14 09:16

太赫兹电磁炉发表于 2023-9-11 10:52
1.gaussian生成.47文件在指定文件夹的输入文件中输入$NBO ARCHIVE $END 即可，不需要路径
2.fchk文件在 ...

收到，非常感谢！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)